FastQC – インストール

FastQCは、NGSのリードの品質をチェックするツールです。解析の直前で使用し、リードの品質に問題がなければ解析に進みます。もし、品質に問題があるようであれば、低品質の情報をトリミングツールで除去したり、対象となるデータを解析から外すなどの対応をとります。

FastQC

FastQC インストール

最も簡単にインストールできる、プリコンパイル版のインストール手順を紹介します。

インストール手順

バージョンの違いやフォルダの違いについては、適時、読み替えて下さい。また、必要に応じてsudoをつけて実行して下さい。

事前準備

javaが必要なので、事前にインストールします。

$ sudo apt install default-jre
javaが既にインストールされているか確認する場合
$ java -version
openjdk version "1.8.0_232"

FastQC インストール

  • ダウンロード
  • 解凍
  • パスを通す
# ダウンロード
cd /usr/local
wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.4.zip

# 解凍
unzip fastqc_v0.11.4.zip

# 権限の付与・パスの設定
chmod +x FastQC/fastqc
ln -s /usr/local/FastQC/fastqc /usr/local/bin/

インストール確認

fastqcでバージョン表示ができれば、インストール完了です。

$ fastqc -v
FastQC v0.11.4

インストール バージョン指定

バージョンを指定してインストールするときは、ダウンロードURLを以下のように指定するとダウンロードできる場合があります。古いバージョンをインストールする場合に便利です。

https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/バージョン.zip

# 例)
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.10.1.zip

エラーへの対処

The program ‘application’ is currently not installed.

FastQCが起動できません。インストールが未だならば、手順に従ってインストールし、その後に再度実行して下さい。インストール作業が完了している場合は、パスの設定を確認して下さい。

Permission denied

実行権限がありません。必要に応じて実行権限の付与(chmod)を実行して下さい。

Can’t exec “java”

javaがインストールされていないので、javaをインストールして下さい。

その他のエラー

インストール作業中にエラーが発生した場合は、再度、手順を確認しましょう。特に見落とされがちなのが「.(ピリオド)」や「空白(スペース)」です。linuxでは、これらにも意味があるので注意しましょう。

FastQC 参考情報