FastQC – インストール

こんにちは、くまぞうです。

FastQCは、NGSのリードの品質をチェックするツールです。今回はFastQC v0.11.4/v0.11.5のインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。

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インストール

インストール情報に従い、プリコンパイル版をインストールします。v0.11.5の場合も、同様です。必要に応じて、リンク先やフォルダ名を読み替えて下さい。

インストール手順

インストールは簡単です。インストール用のデータをダウンロードして、解凍。必要なパスを通すだけです。下記の手順に従って、インストールしてみます。

場所
# cd /usr/local
DL
# wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.4.zip
展開
# unzip fastqc_v0.11.4.zip
権限
# chmod +x FastQC/fastqc
Link
# ln -s /usr/local/FastQC/fastqc /usr/local/bin/

インストール確認

fastqcを呼び出して、バージョンが表示されればインストール完了です。

$ fastqc -v
FastQC v0.11.4

エラーへの対処

  • 「インストールされていない」というエラー表示

    $ fastqc --version
    The program 'application' is currently not installed. You can install it by typing: sudo apt-get install application

    インストール作業が完了している場合は、パスの通し方に問題があるかもしれません。上記、インストール手順では、Linkで設定を行っています。再度、設定しなおす場合は、すでに作成したリンクをunlinkで削除してから設定しましょう。

  • 「Permission denied」というエラー表示

    実行権限がありません。必要に応じて実行権限を付与して下さい。(chmod +x 対象)

  • インストール失敗

    インストール作業で、特に見落とされがちなのが「.(ピリオド)」です。linuxでは「.」にも意味がある(現在のワークディレクトリ、カレント)ので注意しましょう。エラーが発生した箇所からやり直しましょう。

参考情報

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