R v3.2.3 – インストール

バイオインフォ道場、くまぞうです。

今回はR v2.2.6のインストールに挑戦です。Rは、バージョンを指定してインストールしたい場合があるので、ソースコンパイル(make)でインストールしてみます。

インストール

必要となるパッケージが多いので、予めインストールしておきます。

情報更新
# sudo apt-get update
G++ compiler
# sudo apt-get install build-essential
Fortran 95 compiler
# sudo apt-get install gfortran
Readline library
# sudo apt-get install libreadline-dev
X11 header/lib
# sudo apt-get install xorg-dev
Java Develop Kit
# sudo apt-get install default-jdk
Java Runtime Environment
# sudo apt-get install default-jre
pdflatex
# sudo apt-get install texlive-full

パッケージ内のINSTALL(パッケージを解凍したフォルダ直下にあります)に従い、インストールします。

場所
# cd /usr/local
ダウンロード
# wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.2.3.tar.gz
展開
# tar xvzf R-3.2.3.tar.gz
make
# cd R-3.2.3
# ./configure
# make
# make check
# make install

インストール確認

Rを呼び出して、R 3.2.3が起動すればインストール完了です。

$ R
エラーが発生する場合
  • Header/Libが無いというエラー
    必要なライブラリがインストールされていないので、上記の「準備」を確認しましょう。または、適時必要なライブラリをインストールして下さい。もし、必要なライブラリをインストールしたにも関わらず、同じエラーが発生する場合は、./configureから再度やり直します。./configureでライブラリの有無を確認しており、反映されていない場合があります。
  • インストール時に、エラーが発生していたが無視した。
    特に「.」が見落とされがちです。linuxでは「.」にも意味があるので注意しましょう。エラーが発生したところから、やり直して下さい。


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