R v3.2.3 – インストール

バイオインフォ道場、くまぞうです。

今回はR v2.2.6のインストールに挑戦です。Rは、バージョンを指定してインストールしたい場合があるので、ソースコンパイル(make)でインストールしてみます。

インストール

必要となるパッケージが多いので、予めインストールしておきます。

情報更新
# sudo apt-get update
G++ compiler
# sudo apt-get install build-essential
Fortran 95 compiler
# sudo apt-get install gfortran
Readline library
# sudo apt-get install libreadline-dev
X11 header/lib
# sudo apt-get install xorg-dev
Java Develop Kit
# sudo apt-get install default-jdk
Java Runtime Environment
# sudo apt-get install default-jre
pdflatex
# sudo apt-get install texlive-full

パッケージ内のINSTALL(パッケージを解凍したフォルダ直下にあります)に従い、インストールします。

場所
# cd /usr/local
ダウンロード
# wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.2.3.tar.gz
展開
# tar xvzf R-3.2.3.tar.gz
make
# cd R-3.2.3
# ./configure
# make
# make check
# make install

インストール確認

Rを呼び出して、R 3.2.3が起動すればインストール完了です。

$ R
エラーが発生する場合
  • Header/Libが無いというエラー
    必要なライブラリがインストールされていないので、上記の「準備」を確認しましょう。または、適時必要なライブラリをインストールして下さい。もし、必要なライブラリをインストールしたにも関わらず、同じエラーが発生する場合は、./configureから再度やり直します。./configureでライブラリの有無を確認しており、反映されていない場合があります。
  • インストール時に、エラーが発生していたが無視した。
    特に「.」が見落とされがちです。linuxでは「.」にも意味があるので注意しましょう。エラーが発生したところから、やり直して下さい。


スポンサーリンク



ランキング


おすすめ記事

ピックアップ記事

  1. tidyverse – distinct関数でデータフレームの重複行を削除 dplyrパッケージ

    tidyverseでデータフレームの重複行の削除を行う場合、dplyrパッケージのdistinct…
  2. R subset関数 データフレームやmatrixからの条件指定による行・列の抽出

    R の subset関数は、データフレームやマトリックスから条件にマッチした部分集合を取り出します…

人気記事

  1. R データ型 - 文字列・ベクター・データフレーム・マトリックス など-, R言語, スクリプト

    R subset関数 データフレームやmatrixからの条件指定による行・列の抽出
    R の subset関数は、データフレームやマトリックスか…
  2. Excel, その他, 統計

    z-score 計算方法 エクセル(Excel) 編
    統計処理で、大きく変化しているなどの判断基準にも使われる値…
  3. IGV, 解析ツール

    IGV 使い方 インストール〜便利な使い方まで | リファレンス・マッピングデータ・アノテーションを読み込んで表示しよう
    IGV(Integrative Genomics View…

おすすめ記事

  1. awk, bash 文字列操作, シェルスクリプト

    bash 部分文字列・置換・長さ・連結・分割の文字列処理
    bashのよく使う文字列処理、部分文字列・置換・連結・長さ…
  2. bash 応用, シェルスクリプト

    シェル スクリプト ファイル存在チェック・空のファイルチェック
    bashでスクリプトを作成するときに、よく使うのがファイル…
  3. R言語, グラフ

    R 使い方 軸・ラベルの調整(向き・サイズ・色など) グラフの描き方
    Rによるplot(グラフ)の描画は、手軽で大変便利です。た…