linux コマンド grep ファイル内の文字列検索

バイオインフォ道場、くまぞうです。

テキストファイル内の文字列を検索します。

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構文

grep [オプション] 文字列パターン [ファイル…]

主なオプション

  • -v
    指定した文字列パターンを含まない行の検索を行います。
  • -n
    行番号を付与して表示します。
  • -i
    大文字と小文字を区別せずに検索します。
  • -r
    ディレクトリ以下ののファイルを再帰的に検索します。

実行例

  • ファイル1:data/grep_data1.txt

    aaa bio
    bbb bioinfo
    ccc bioinformatics
    ddd calculate

  • ファイル2:data/grep_data2.txt

    aaa tophat
    bbb cufflinks
    ccc FastQC
    ddd blast

  • grep検索

    $ grep bioinfo grep_data1.txt
    bbb bioinfo
    ccc bioinformatics

  • grep検索(行表示)

    $ grep -n bioinfo grep_data1.txt
    2:bbb bioinfo
    3:ccc bioinformatics

  • grep検索(-v否定)

    $ grep -v bioinfo grep_data1.txt
    aaa bio
    ddd calculate

  • grep検索(大文字・小文字の識別あり)

    $ grep Bio grep_data1.txt
    該当なし(結果表示なし)

  • grep検索(大文字・小文字の識別なし)

    $ grep -i Bio grep_data1.txt
    aaa bio
    bbb bioinfo
    ccc bioinformatics

  • grep検索(大文字・小文字の識別なし)

    $ grep -i Bio grep_data1.txt
    aaa bio
    bbb bioinfo
    ccc bioinformatics

  • grep検索(dataフォルダ指定で再帰検索)

    $ grep -r bbb data/
    data/grep_data1.txt:bbb bioinfo
    data/grep_data2.txt:bbb cufflinks

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One thought to “linux コマンド grep ファイル内の文字列検索”

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