bowtie v1.1.2 – インストール

バイオインフォ道場、くまぞうです。

今回はbowtie v1.1.2のインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。

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インストール

  • 場所
    cd /usr/local
  • ダウンロード
    wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie/1.1.2/bowtie-1.1.2-linux-x86_64.zip
  • 展開
    unzip bowtie-1.1.2-linux-x86_64.zip
  • Link
    ln -s /usr/local/bowtie1.1.2/bowtie /usr/local/bin/
    ln -s /usr/local/bowtie1.1.2/bowtie-build /usr/local/bin/

インストール確認

bowtieを呼び出して、バージョンが表示されればインストール完了です。

$ bowtie --version
  bowtie version 1.1.2
  64-bit
  Built on localhost.localdomain
  Tue Jun 23 13:28:18 EDT 2015

注意点

  • ダウンロードした際の圧縮形式が「.zip」なので、unzipで展開します。
    unzip がインストールされていなければ、apt-getなどでインストールしましょう。

    sudo apt-get install unzip
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