Linuxでパスを通す PATH(パス)の通し方と注意点

バイオインフォ道場、くまぞうです。

バイオインフォマティクスで利用するツールは、自分でコンパイルが必要なものや環境を整える必要なものがあります。必要な設定の1つに「パスを通す」ことがあります。「PATH」を通すとツールの起動が楽になります。是非、設定や確認の仕方を覚えましょう。

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PATHとは?

プログラムを実行するときは、プログラムの場所と名前を指定して実行します。自分でダウンロード・解凍したツールを動かす場合は、「~/tool/ncbi-blast+2.3.0+/bin/blastn -version」というように、場所とツール名を指定して実行します。しかし、毎回これでは面倒です。環境変数PATHを利用して、プログラムの場所をあらかじめ教えておくことができます。これで、ツールを簡単に利用することができるようになります。

まずはPATHの確認方法

「echo」コマンドで、環境変数PATHを表示して内容を確認します。

$ echo $PATH

PATHを通す

パスの設定は「export」コマンドを使います。より先頭に書かれた場所が優先的に探索されます。複数の場所を登録する場合は、コロン「:」で区切ります。

$ export PATH=$PATH:~/work/target_folder/bin
$ export PATH=~/work/target_folder/bin:$PATH

PATHの注意点

パスの設定は、端末を立ち上げ直すと初期化されます。設定を保持する場合は、「~/.bashrc」や「~/.bash_profile」にパスの設定を書いておく必要があります。これらのファイルの末尾など、わかりやすい部位に追記すると良いと思います。

export PATH=$PATH:~/work/target_folder/bin

尚、ファイルに設定を記述した直後はPATHは反映されません。設定ファイルを読込み直すか、端末を立ち上げ直す必要があります。「source」コマンドで設定ファイルを読み込みます。「.」も同じ意味です。

source ~/.bashrc
. ~/.bashrc

まとめ

適切にPATHを通して使いやすい環境を整えましょう。一時的にPATHを通す場合は「export」コマンドで設定し、恒久的に設定する場合は「~/.bashrc」などの設定ファイルに記述するようにしましょう。

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