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R 使い方 ヒストグラム グラフの描き方

bioinfo-dojo R言語・グラフ

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バイオインフォ道場、くまぞうです。

データを理解する方法の１つに「グラフ」があります。詳細なデータをまとめた表に比べると「詳細さ」は劣りますが、データの全体像を理解しやすくなります。そして、目的に応じたグラフを使うことが大事です。Rを使って、色んなグラフを描画してみましょう。今回は、「ヒストグラム」です。

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ヒストグラム

特長

ヒストグラムは、データの頻度分布を表すグラフです。横軸は区間・階級、縦軸は区間内の頻度や相対頻度を表します。軸のスケールによって、印象が変わるので、適切なスケールを決めることが大事です。

グラフの描き方

組み込みデータセットのirisを使用します。実際にグラフを書く場合は、ファイルから読み込んだデータを使うことが多いので、一度ファイルにデータを保存してから使います。Rでグラフを描くときは、histを使います。

> iris
> head(iris)
  Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa
3          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
4          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa
5          5.0         3.6          1.4         0.2  setosa
6          5.4         3.9          1.7         0.4  setosa

> summary(iris)
  Sepal.Length    Sepal.Width     Petal.Length    Petal.Width   
 Min.   :4.300   Min.   :2.000   Min.   :1.000   Min.   :0.100  
 1st Qu.:5.100   1st Qu.:2.800   1st Qu.:1.600   1st Qu.:0.300  
 Median :5.800   Median :3.000   Median :4.350   Median :1.300  
 Mean   :5.843   Mean   :3.057   Mean   :3.758   Mean   :1.199  
 3rd Qu.:6.400   3rd Qu.:3.300   3rd Qu.:5.100   3rd Qu.:1.800  
 Max.   :7.900   Max.   :4.400   Max.   :6.900   Max.   :2.500  
       Species  
 setosa    :50  
 versicolor:50  
 virginica :50 

> write.table(iris, "iris.txt", quote=F, sep="\t")
> data <- read.delim("iris.txt")

> png("hist1.png")
> hist(data$Sepal.Length)
> dev.off()

> png("hist2.png")
> hist(data$Sepal.Length, breaks=c(0,2,4,6,8,10))) #breaks=seq(0,10,2)でも良い
> dev.off()

グラフの例

hist1

hist1

hist2

hist2

グラフ描画について

組込みデータ「iris」をグラフ表示しました。ファイルに保存したデータを、改めてread.delimで読込み、data$Sepal.Lengthで表示データを指定しました。head及び、summaryでデータの一部と概要を示しました。hist1ではデフォルトのSturges階級数による区間表示、hist2ではbreaksを指定してカスタマイズ区間表示を行いました。区間の指定について、breaksに配列を直接指定しましたが、seq(from, to, by）で配列を生成＆指定するとより汎用的で便利かもしれません。

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