バイオインフォ道場、くまぞうです。 Rでグラフを描画する場合、位置やサイズを自動で調整してくれるので大変便利です。しかし、少しカスタマイズしようと思えば、色々なパラメータを調整する必要があります。より綺麗なグラフに仕上げ […]
月別: 2016年8月
IGV 使い方 見方・リードの色
バイオインフォ道場、くまぞうです。 IGV(Integrative Genomics Viewer)は、マッピングデータを視覚的に確認することができる大変便利なツールです。 人気記事 シェル スクリプト ファイル存在チェ […]
bash パイプ 複数コマンド 組み合わせ
バイオインフォ道場、くまぞうです。 複数のコマンドを連続で処理すると、解析作業が効率的に進むときがあります。コマンドの出力結果をソートしたり、さらに絞り込みを行ったりするだけで、分り易い結果になることは良くあることかもし […]
linux コマンド tee 画面とファイルの両方へ出力
バイオインフォ道場、くまぞうです。 コマンドを実行したとき、画面とファイルの両方に出力したいときがあります。しかし通常は、画面出力するとファイルには保存されないし、ファイルにリダイレクトすると画面には表示されません。画面 […]
linux コマンド rm・rmdir ディレクトリ削除
バイオインフォ道場、くまぞうです。 ディレクトリを削除するには、rmdirコマンドを使います。または、ファイル削除でも使うrmコマンドに-Rオプションをつけて削除します。rmdirは、空のディレクトリしか削除しないので、 […]
linux コマンド cp ファイルコピー
バイオインフォ道場、くまぞうです。 ファイルやディレクトリをコピーするには、cpコマンドを使います。 スポンサーリンク コマンドの使い方 基本的な使い方 cpコマンド名に続き、コピーしたいファイル・コピー先を指定します。 […]
tophat2 使い方 RNA-Seq マッピング
バイオインフォ道場、くまぞうです。 今回は、tophat2を使って、RNA-seqデータのマッピングに挑戦です。 スポンサーリンク tophat2とは tophat2は、代表的なマッピングツールの1つです。RNA-Seq […]