Skip to main content

バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo]

  • ホーム
  • 解析ツール
    • blast
    • bowtie
    • Cufflinks
    • FastQC
    • FASTX-Toolkit
    • htseq-count
    • IGV
    • samtools
    • SnpEff
    • SRA_Toolkit
    • STAR
    • HISAT2
    • tophat2
    • Trinity
    • freebayes
    • vcftools
    • gffread
  • linux コマンド
    • Linux 基本操作
    • ファイル操作
    • 便利なファイル操作
    • 便利なコマンドの使い方
    • パッケージ管理
    • プログラム管理
    • ユーザー・システム管理
  • R言語
    • グラフ
    • R 基本
    • R データ型 – 文字列・ベクター・データフレーム・マトリックス など-
    • R 制御構造 – 条件分岐・ループ –
    • R 関数
    • R ファイル処理
    • R 便利な関数
    • スクリプト
    • その他
  • Perl
    • perlの基本
    • perl 関数
    • perl 制御構造 – 条件分岐・ループ –
  • Python
    • pythonの基本
    • 関数
    • 組み込み型 – 文字列・リスト・タプル など –
    • 制御構造 – 条件分岐・ループ –
    • ファイル処理
    • クラスとオブジェクト
  • Ruby
    • rubyの基本
    • 関数
    • 組み込み型 – 文字列・配列・ハッシュ など –
    • 制御構造 – 条件分岐・ループ –
    • ファイル処理
    • クラスとオブジェクト
    • 応用
  • C言語
    • C言語 基本
    • C言語 関数
    • C言語 型 – 文字列・配列 –
    • C言語 制御構造 – 条件分岐・ループ –
    • C言語 ファイル処理
    • C言語 アルゴリズム
    • C言語 応用
  • awk
  • sed
  • シェルスクリプト
    • bash 基本
    • bash 文字列操作
    • bash 制御構造 – if・loop –
    • bash 関数
    • bash 応用
  • 統計
  • その他
    • AWS
    • Excel
    • 資格・就職
  • オススメ書籍

月別: 2016年8月

R 使い方 軸と目盛りの調整まとめ グラフの描き方

2016年8月23日2018年2月12日 bioinfo-dojo 6件のコメント

バイオインフォ道場、くまぞうです。 Rでグラフを描画する場合、位置やサイズを自動で調整してくれるので大変便利です。しかし、少しカスタマイズしようと思えば、色々なパラメータを調整する必要があります。より綺麗なグラフに仕上げ […]

続きを読む

IGV 使い方 見方・リードの色

2016年8月17日2018年4月20日 bioinfo-dojo 2件のコメント

バイオインフォ道場、くまぞうです。 IGV(Integrative Genomics Viewer)は、マッピングデータを視覚的に確認することができる大変便利なツールです。 人気記事 シェル スクリプト ファイル存在チェ […]

続きを読む

bash パイプ 複数コマンド 組み合わせ

2016年8月15日2017年9月30日 bioinfo-dojo

バイオインフォ道場、くまぞうです。 複数のコマンドを連続で処理すると、解析作業が効率的に進むときがあります。コマンドの出力結果をソートしたり、さらに絞り込みを行ったりするだけで、分り易い結果になることは良くあることかもし […]

続きを読む

linux コマンド tee 画面とファイルの両方へ出力

2016年8月12日2017年9月30日 bioinfo-dojo

バイオインフォ道場、くまぞうです。 コマンドを実行したとき、画面とファイルの両方に出力したいときがあります。しかし通常は、画面出力するとファイルには保存されないし、ファイルにリダイレクトすると画面には表示されません。画面 […]

続きを読む

linux コマンド rm・rmdir ディレクトリ削除

2016年8月11日2017年9月30日 bioinfo-dojo

バイオインフォ道場、くまぞうです。 ディレクトリを削除するには、rmdirコマンドを使います。または、ファイル削除でも使うrmコマンドに-Rオプションをつけて削除します。rmdirは、空のディレクトリしか削除しないので、 […]

続きを読む

linux コマンド cp ファイルコピー

2016年8月11日2017年9月30日 bioinfo-dojo

バイオインフォ道場、くまぞうです。 ファイルやディレクトリをコピーするには、cpコマンドを使います。 スポンサーリンク コマンドの使い方 基本的な使い方 cpコマンド名に続き、コピーしたいファイル・コピー先を指定します。 […]

続きを読む

tophat2 使い方 RNA-Seq マッピング

2016年8月5日2017年8月24日 bioinfo-dojo 1件のコメント

バイオインフォ道場、くまぞうです。 今回は、tophat2を使って、RNA-seqデータのマッピングに挑戦です。 スポンサーリンク tophat2とは tophat2は、代表的なマッピングツールの1つです。RNA-Seq […]

続きを読む



タグ

annotation AWS bcftools BED boxplot fasta fastq GFF GTF IGV java LibreOffice RNA-seq samtools SNP インストール エラーと対策 ヒートマップ マッピング 散布図 正規表現





人気の記事

  • シェル スクリプト ファイル存在チェック・空のファイルチェック
  • R 使い方 軸・ラベルの調整(向き・サイズ・色など) グラフの描き方
  • シェルスクリプト(bash) 文字列処理(部分文字列・置換・長さ・連結・分割)
  • R 使い方 軸と目盛りの調整まとめ グラフの描き方
  • awk 便利な文字列関数 gsub sub match index split 等
  • R 使い方 データフレーム 抽出 subset関数
  • IGV 使い方 見方・リードの色
  • sed 便利な文字列処理(空白文字の整理・空白行の削除)
  • R 使い方 グラフを重ねる グラフの描き方
  • C言語 ファイル処理 メモリ動的確保 ファイルを一気に読み込む

最近の記事

  • シェルスクリプト 配列 使い方
  • シェルスクリプト bash 最新版の利用
  • シェルスクリプト 変数 使い方
  • シェルスクリプト 引数 使い方
  • HISAT2 使い方 インストールとマッピング
sparkling Theme by Colorlib Powered by WordPress