R 使い方 余白サイズ グラフの描き方

バイオインフォ道場、くまぞうです。

Rでグラフを描画する場合、位置やサイズを自動調整してくれるので大変便利です。しかし、カスタマイズしようと思えば、各種パラメータを調整する必要があります。より綺麗なグラフに仕上げるために、軸ラベルや目盛り、余白の調整についてまとめます。

余白の調整編。

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余白サイズの調整

boxplot(ボックスプロット)

余白のサイズを調整するには、グラフィカルパラメータを調整します。特に、グラフ描画に関しては、プロット領域のマージンを調整することが多いのですが、その場合はレイアウトパラメータmarを調整します。具体的には、par()関数を使って設定を行います。par()関数でマージンを設定後に描画すると、マージン設定を反映したプロットが描画されます。図では変化がわかりにくいですが、グラフの描画領域が少し広くなります。

> boxplot(count ~ spray, data=InsectSprays, col="lightgray")

boxplot3

> par()$mar
5.1 4.1 4.1 2.1 #下マージン・左マージン・上マージン・右マージン
> par(mar=c(2.5, 2.5, 1, 1))
> boxplot(count ~ spray, data=InsectSprays, col="lightgray")

heatmap(ヒートマップ)

heatmap関数の場合は、マージンを調整するオプションとして、marginsオプションが準備されています。par$marと異なり2つのパラメータを指定しますが、下マージンと右マージンに対応しています。列名が長い場合や、行名が長い場合は、文字サイズとマージンを調整すると綺麗なヒートマップを描画できます。調整前の図は、右側に表示している長い名前が切れてしまっていますが、調整後の図では、長い名前もきちんと図の中におさまっています。

heatmap2

# from R sample
> require(graphics)
> require(grDevices)
> x  <- as.matrix(mtcars)
> heatmap(x, col = cm.colors(256), scale = "column")

>head(x, 3)
               mpg cyl disp  hp drat    wt  qsec vs am gear carb
Mazda RX4     21.0   6  160 110 3.90 2.620 16.46  0  1    4    4
Mazda RX4 Wag 21.0   6  160 110 3.90 2.875 17.02  0  1    4    4
Datsun 710    22.8   4  108  93 3.85 2.320 18.61  1  1    4    1

heatmap

> heatmap(x, col=cm.colors(256), scale="column", margins=c(5,10))

よく使うオプション

軸の目盛りやラベルに関連するオプションです。

  • xlab, ylab

    軸のラベルを指定します。

  • xlim, ylim

    軸に対する表示範囲を指定します。

  • xlog, ylog

    それぞれの軸を対数スケールで指定します。

  • cex.lab

    軸のラベルの大きさを調整します。(デフォルトサイズに対する倍数指定)

  • cex.axis

    軸の目盛りの大きさを調整します。(デフォルトサイズに対する倍数指定)

  • las

    軸の目盛りの向きを調整します。

  • mar

    プロット領域のマージンを調整します。

  • par

    グラフィカルパラメータの確認や設定を行うときに使います。

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