HTSeq htseq-count 使い方 インストール v0.7.2

バイオインフォ道場、くまぞうです。

htseq-countは、RNA-Seq解析などでリードをゲノムにマッピングしたとき、どこにどのくらい張り付いたかをカウントするプログラムです。

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http://www-huber.embl.de/HTSeq/doc/count.html

htseq インストール

HTSeqのインストールには、いくつか事前にインストールしておくべきものがあります。マニュアルに従ってインストールします。

事前に必要なもの

sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install python2.7-dev
sudo apt-get install python-numpy
sudo apt-get install python-matplotlib

事前に必要なもの その他

ライブラリが不足していると、HTSeqのbuildでエラーが発生する場合があります。以下のライブラリを事前にインストールしておくと良いです。インストールのエラーが発生した後に気がついたら、ライブラリをインストールした後、再度 buildを行います。

sudo apt-get install zlib1g-dev
sudo apt-get install libbz2-dev
sudo apt-get install liblzma-dev

インストール

管理者権限で、all userに対してインストールします。

# cd /usr/local
# wget https://pypi.python.org/packages/46/f7/6105848893b1d280692eac4f4f3c08ed7f424cec636aeda66b50bbcf217e/HTSeq-0.7.2.tar.gz
# tar xzvf HTSeq-0.7.2.tar.gz
# cd HTSeq-0.7.2
# python setup.py build
# python setup.py install

htseq インストール確認

インストールディレクトリを離れて動作確認します。マニュアルにも記載されている方法です。

$ pyhon  # python 起動
PYTHON > import HTSeq  # エラーがでなければOK

ちなみに、Pythonは以下のバージョンで確認しています。

python -V 
Python 2.7.12
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