FASTX-Toolkit 使い方 インストール

バイオインフォ道場、くまぞうです。

FASTX-Toolkitは、次世代シーケンサのFASTA・FASTQの前処理に関連するツールを集めたものです。トリミングやクリッピング、クオリティ処理に関するツールが提供されています。インストール方法について手順を整理します。

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FASTX-Toolkit とは

http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/index.html

事前に必要なもの

サイトの情報によると、以下のいくつかのユーティリティやツールが事前にインストールされている必要があります。しかし、この要求は使用するツールによって異なるので、今回は必要最低限のインストールを行います。libgtextutils(ver 0.7)だけを事前にインストールしました。

  • Fastx-toolkit version 0.0.13 requires libgtextutils-0.6 (available here for download)
  • A recent g++ compiler (tested with GNU G++ 4.1.2 and later).
  • The fasta_clipping_histogram tool requires two perl modules: PerlIO::gzip and GD::Graph::bars.
  • The fastx_barcode_splitter tool requires GNU sed.
  • The fastq_quality_boxplot tool requires gnuplot version 4.2 or newer.

pkg-config インストール

pkg-configがインストールされているかを確認します。

$ pkg-config --version
0.29.1

インストールされていなければ、aptなどのパッケージ管理ツールでインストールします。

# apt install pkg-config

libgtextutils インストール

# wget https://github.com/agordon/libgtextutils/releases/download/0.7/libgtextutils-0.7.tar.gz
# tar xf libgtextutils-0.7.tar.gz
# cd libgtextutils-0.7
# ./configure
# make
# make install

正常にインストール完了すれば、ライブラリが以下のように配置されます。

# ls /usr/local/lib/libgtext* -l
/usr/local/lib/libgtextutils-0.7.so.0 -> libgtextutils-0.7.so.0.0.0
/usr/local/lib/libgtextutils-0.7.so.0.0.0
/usr/local/lib/libgtextutils.a
/usr/local/lib/libgtextutils.la
/usr/local/lib/libgtextutils.so -> libgtextutils-0.7.so.0.0.0

# ls /usr/local/lib/pkgconfig/
gtextutils.pc

パス(PKG_CONFIG)を通して、設定が認識されたかを確認します。

$ export PKG_CONFIG_PATH=/usr/local/lib:$PKG_CONFIG_PATH

$ pkg-config --cflags gtextutils
-I/usr/local/include/gtextutils

FASTX-Toolkit インストール

以下の手順に従ってインストールします。

インストール

# wget https://github.com/agordon/fastx_toolkit/releases/download/0.0.14/fastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2
# tar xf fastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2
# cd fastx_toolkit-0.0.14
# ./configure
# make
# make install

インストール確認

$ fasta_formatter -help

共有ライブラリ依存関係情報の更新

もし、正常にインストール完了したのに、動作確認でライブラリのエラーが発生したら、ldconfigで共有ライブラリの依存関係情報を更新すると良いようです。尚、共有ライブラリの依存関係はlddで確認することができます。

$ fasta_formatter -help
fasta_formatter: error while loading shared libraries: libgtextutils-0.7.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
$ sudo ldconfig
$ ldd `which fasta_formatter`
  linux-vdso.so.1 =>  (0x00007ffff055f000)
  libgtextutils-0.7.so.0 => /usr/local/lib/libgtextutils-0.7.so.0 (...)
  libstdc++.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 (...)
  ...
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