Python while ずっと繰り返し スクリプトの書き方

バイオインフォ道場、くまぞうです。

while文を使うと、コードブロックを(特定の条件を満たす場合)ずっと実行することができます。

while文による繰り返し処理

while文の書き方

while文は、「あるコマンドの入力があるまで」・「ある状態なら」といったずっと繰り返す処理に用います。whileの後に「条件」を記述します。ブロックは、インデントを忘れないように注意します。尚、他のプログラミング言語にあるdo〜whileは使えません。

while文

  while count<10: # 条件 countが10未満の場合
	繰り返す処理

繰り返し処理について

whileの繰り返し処理では、「特定の条件を記述する場合」「特定の条件を記述しない(while True:)場合」があります。後者の場合は、繰り返し処理の内部にbreakするための条件を記述します。

サンプル

whileを使った、Pythonのスクリプト例です。fastaファイルを読み込んでヘッダーをリストに格納します。ヘッダー表示をwhileで「ずっと」繰り返しますが、3個表示したら繰り返し処理を抜けて終了します。

while_test.py

#! /usr/local/bin/python
# -*- coding: utf-8 -*-

file_name  = "my.fasta"
all_header = []

f = open(file_name, "r")
for line in f.readlines():
    if line[0] == '>':
        all_header.append(line[1:].strip())  # listにセット

f.close()

count = 0
while True:  # 特定の条件なし ずっと繰り返し
    print all_header[count]
    count += 1
    if count >= 3: # 3個表示したらbreak(ループ終了)
        break

my.fasta

  >cds1
  ATGGTGGGTGGCAAGAAGAAAACCAAGATATGTGACAAAGTGTCACATGA
  TTTGGCAATCGGTTCCTGGATTGGACTTAGACCCCTACGCATCCTCAAAT
  GAAATGTTGCCAACGCTTCTTGAGAGCTGCCCAAAACTTGAATCTCTCAT
  >cds2
  ATGGTTCAATATAATTTCAAGAGGATCACAGTTGTTCCCAATGGGAAGGA
  GCACGTCGTGGTGAAGCTGACAGAGTTATACCAACGCTTAGACCGAAACA
  AACCGACAGGCGTTGA
  >cds3
  ATGACTCGTTTGTTGCCTTACAAAGGTGGAGATTTTTTGGGACCGGATTT
  CCGAGGTATACCTCTACCTTATCTTTCTGAATTAACTGTGAGCTTCATAG
  GCAAAAATTAAGATTGGTGAATGCTCAAAACGTAAAAAGGATAAGCAAGT
  >cds4
  ATGGATTCAGAGTCAGAGTCAAAGCTCATATCATTCATTTCTCAATTAGT
  ATCATGCATGATACAAACAATCTCTCTGGTCAGCTCAATGGATTTGAAGT
  ATCTATTTCGGTAACTTCTTCTCATGTATGCAATGTGATTATATTCTCCA
  >cds5
  ATGTCGGTTCCTCCTAGATTCCGGTCCGTAAATTCCGATGAGCGAGAGTT
  GCTGCAGAGGAAACCACCGGGGATGAAACTGGAGAAGCCGATGATGGAGA
  GAGAGAGAGTGATAAATAA

実行と結果

  $ ls
  my.fasta
  while_test.py

  $ python while_test.py 
  cds1
  cds2
  cds3


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