![バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo]](https://bioinfo-dojo.net/wp-content/uploads/2016/03/some_object_luca-bravo-alS7ewQ41M8-unsplash.jpg)
awk awk 区切り文字とフィールド
awkは、入力の各行を区切り文字でフィールドに分割して、それぞれを個別に取り出すことができます。 とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談 awk 区切り文字の変更 入力行をフィールドに分割するのは区切り文字です。デフォ...
2017
awk 
awk awk コマンドラインでの実行とスクリプトファイルでの実行
awkを実行する場合、コマンドラインで指定する方法と、スクリプトファイルを指定する方法があります。 とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談 awk コマンドラインで指定する patternとactionは、シングルクォ...
linuxに関すること 共有ライブラリのエラー対処法
バイオインフォ道場、くまぞうです。 共有ライブラリのエラーが発生した場合の対応方法についてまとめます。"cannot open shared object file: No such file or directory"というエラーが表示さ...
vcftools VCFtools 使い方 VCFファイルからの抽出（BEDファイル対応領域）
SNP Callerには、通常、領域指定オプションがあります。しかし、既に算出されたVCFデータが領域外のデータを含む場合、領域を参照しながら整理し直すのは面倒な作業です。そんなとき、vcftoolsを使えば、計算した後からでも簡単に領域の...
freebayes freebayes インストール 簡単な使い方
freebayesは、代表的なSNP検出ツールの１つです。 ベイズ的アプローチでIndelを検出します。インストールと簡単な使い方についてまとめます。 とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談 freebayes とは ...
awk bash 部分文字列・置換・長さ・連結・分割の文字列処理
bashのよく使う文字列処理、部分文字列・置換・連結・長さ・分割について、サンプルを交えながらまとめます。 とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談 部分文字列 文字列から部分文字列を取り出すときは、位置を指定した抽出方...
sed SED 便利な使い方 ファイル読み込み・ファイル書き出し
sedのファイル読込みコマンド（r）・ファイル書き込みのコマンド(w)が便利です。指定の位置に外部ファイルからデータを読み込んだり、パターンにマッチした部分を一括で複数のファイルに分割するなどの便利な処理を行うことができます。知っていれば、...
R言語 R 関数 maxの位置・minの位置を求める
Rで、最大値や最小値を求めるのは簡単ですが、「最大値・最小値の位置は？」という問題を考えてみたいと思います。 とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談 最大値・最小値を求める 最大値・最小値を求めるのは簡単です。最大値を...
R言語 R 使い方 文字列処理（文字列検索・文字列置換）
統計ソフトＲは、統計処理やグラフの描画でよく用いられます。しかし、色々なことに活用していると、「文字列処理ができると便利だな」と思うことがあります。統計ソフトＲには、文字列処理のための便利な関数が準備されているので、代表的な関数についてまと...
R言語 R 使い方 カラーパレット RColorBrewer 透明な色とグラフ
RColorBrewerは便利でよく使われるパッケージです。色々な色の組み合わせを簡単に使うことができます。しかし、複数のグラフを重ねたときに、透過度を簡単に設定できないのは使いにくく感じる場合があります。色の透過度を設定する方法を調べまし...