2017年 | ページ 8 | バイオインフォ道場 [bioinfo-Dojo]

R 使い方データフレーム・ファクタースクリプトの書き方

Rのデータフレーム・ファクターは、他のプログラミング言語のデータ構造とは異なる独特な構造。でも、とてもよく使う構造で、必ず使いこなせるようになりましょう。基本的な構造を理解すれば、Ｒはもっと使いやすいツールになります。 Rのデータフレームと...

R言語メインコンテンツ

統計処理で、大きく変化しているなどの判断基準にも使われる値として、Z-scoreがあります。Excel（エクセル）を使って求めてみます。関連記事 z-score 計算方法 R 編R と Excel 分散標準偏差計算データの散らばりに...

Excelメインコンテンツ統計

バイオインフォ道場、くまぞうです。バイオインフォマティクスでは、表形式のデータをよく使います。表形式のデータ表示にはExcelがぴったりです。ちょっとしたデータ編集をすることもあります。こんなときに関数が使えると作業が捗ることがあります。...

Excelメインコンテンツ

bashでスクリプトを作成するときに、よく使うのがファイルの存在チェックです。 if文と組合せると、ファイルの有無によって処理を分けることができます。エラー処理も記述できて使いやすいスクリプトになります。様々な処理で活用できるので、是非参...

シェルスクリプトメインコンテンツ

IGVはリードのマッピング状況を視覚的に確認できるツールです。ゲノムデータ（fastaファイル）とアライメントデータ（bamファイル、及びbaiファイル）を準備すれば簡単に表示できますが、更に遺伝子の位置情報を読み込むともっと使いやすくなり...

awkIGVメインコンテンツ解析ツール

バイオインフォマティクスの解析を行う際、一番最初に行うのはリードの品質チェックです。代表的なツールはFastQCで結果を視覚的に確認できて非常に便利ですが、たくさんデータを使う場合はコマンドライン（command line）を活用して結果を...

FastQCメインコンテンツ解析ツール