gffread を使った transcripts fasta 転写物の配列取得

バイオインフォ道場、くまぞうです。

ゲノム配列から転写物の配列を取得

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転写物(transcript)の配列を取得したい場合、染色体上の位置(開始位置〜終了位置)をたよりに配列情報を抜き出します。位置情報を管理する方法としてよく使われるのがGFF3やGTF形式のファイルです。領域が小さくて少ない場合は自力でも切り出せますが、対象物がたくさんで構造をよくみないといけない場合は、ツールを使ったほうが便利です。cufflinksのUtilityの1つである、gffreadを使えば、転写物の配列を簡単に切り出すことができます。

gffread を使った転写物配列の切り出し

ゲノム配列(genome.fa)と位置情報(GFF3 または GTFファイル)を準備して、gffreadを実行します。オプションを豊富に持ち、以下の例では-wを指定してexonを基にした転写物の切り出し(fastaファイルの生成)を行っています。

# gffread GFF3を使った転写物(transcript)配列の切り出し
$ gffread -w transcripts.fa -g genome.fa transcripts.gff3

gffreadについて

gffreadのヘルプを参照することでオプションを確認することができます。転写物の配列切り出しの他に、gffからgtfのフォーマット変換(-Tオプション)も便利です。gffreadは、cufflinksのインストールでも使えるようになります。参考情報・ダウンロード

# gffread GFF3からGTFへの変換
$ gffread -E annotation.gff -T -o- | more
# gffread ヘルプ・オプションの参照
$ gffread --help
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