HISAT2 使い方 インストールとマッピング

バイオインフォ道場、くまぞうです。

HISAT2 インストール

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HISAT2のサイトにインストールが簡単なバイナリー版が準備してあるので、ダウンロードして使います。使用したのは、「Linux x86_64 binary」版です。

HISAT2

HISAT2 インストール手順

# ホームディレクトリに移動
$ cd 

# hisat2 ダウンロード
$ wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip .

# hisat2 解凍
$ unzip hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip 

# 展開チェック
$ ls
hisat2-2.1.0

# パスを通す(例ではホームディレクトリを活用)
$ sudo ln -s ~/hisat2-2.1.0/hisat2 /usr/local/bin/

# 起動チェック
$ hisat2 -h
HISAT2 version 2.1.0 by Daehwan Kim (infphilo@gmail.com, www.ccb.jhu.edu/people/infphilo)
Usage: 
  hisat2 [options]* -x  {-1  -2  | -U  | --sra-acc } [-S ]

HISAT2 マッピング

hisat2をインストールすると、インストールフォルダにexampleデータが準備されています(今回の例では、~/hisat2-2.1.0/example/)。それらのデータを使って動作確認してみます。exampleの使い方は、HISAT2 MANUALの、「Getting started with HISAT2」に詳しく書かれています。

HISAT2 マッピング シングルエンド unpaired

シングルエンドのマッピング例として、example/read_1.faだけを指定して実行します。入力は、indexとread(read_1.faのみ)。出力をsam形式のファイルで指定しました。実行後、Alignment summaryが表示され、sam形式のファイルが出力されます。

指定方法 シングルエンド unpaired

$ hisat2 -f -x インデックス -U read.fa -S 出力sam

example 動作確認

# hisat2 インストールで格納されるexampleフォルダへ移動
$ cd hisat2-2.1.0/example

$ hisat2 -f -x index/22_20-21M_snp -U reads/reads_1.fa -S eg1.sam
# Alignment summary
1000 reads; of these:
  1000 (100.00%) were unpaired; of these:
    ... 省略 ...
100.00% overall alignment rate

# 出力データの確認
$ ls
eg1.sam

オプション

・-x:hisat2 index 指定
・-f:FASTA 形式の通知
・-U:シングルエンドの指定
・-S:sam形式の出力指定

indexもexample/indexで準備してあるものを使用しました。hisat2では、主な生物のindexが準備してあるので、ダウンロードして使うことができます。

$ ls index/
22_20-21M_snp.1.ht2  22_20-21M_snp.3.ht2  22_20-21M_snp.5.ht2  22_20-21M_snp.7.ht2
22_20-21M_snp.2.ht2  22_20-21M_snp.4.ht2  22_20-21M_snp.6.ht2  22_20-21M_snp.8.ht2

HISAT2 マッピング ペアエンド paired-end

ペアエンドのマッピング例として、example/read_1.fa, read_2.faの両方を指定して実行します。入力は、indexとペアエンドの各read。出力をsam形式のファイルで指定しました。実行後、Alignment summaryが表示され、sam形式のファイルが出力されます。

指定方法 ペアエンド paired-end

$ hisat2 -f -x インデックス -1 read1.fa -2 read2.fa -S 出力sam

example 動作確認

# hisat2 インストールで格納されるexampleフォルダへ移動
$ cd hisat2-2.1.0/example

$ hisat2 -f -x index/22_20-21M_snp -1 reads/reads_1.fa -2 reads/reads_2.fa -S eg2.sam
# Alignment summary
1000 reads; of these:
  1000 (100.00%) were paired; of these:
    ... 省略 ...

100.00% overall alignment rate
$ ls
# 出力データの確認
eg2.sam

オプション

・-x:hisat2 index 指定
・-f:FASTA 形式の通知
・-1:ペアエンドの指定
・-2:ペアエンドの指定
・-S:sam形式の出力指定

HISAT2 インストール エラー

インストール作業、exampleでの動作確認について、困ることはほとんどありませんでした。HISAT2本体の解凍でunzipのエラーに遭遇しただけです。このエラーも、apt installですぐに解決します。

$ unzip hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip 
The program 'unzip' is currently not installed. You can install it by typing:
sudo apt install unzip

$ sudo apt install unzip # unzip をインストール
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