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macs2 install & 使い方

macs2

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MACS2、良く使われている ChIP-Seq 解析用の peak caller です。

色々なサイトで、macs2 のインストール方法や使い方がまとめられていますが、
バージョンの違いやインストール方法の好みによって、バラバラです。

もっとも簡単だと思われる方法をまとめました。

前提条件 – Prerequisites

インストールの際、以下の環境が必要になります。

・Python version must be equal to 2.7 to run MACS. (推奨バージョン:version 2.7.9.)
・Numpy (>=1.6)
・Cython (>=0.18)

INSTALL Guide For MACS

macs2 install

Ubuntu Server 18.04 LTS でインストールを確認しました。

update & upgrade

sudo apt update
sudo apt upgrade

Python 2.7.15

sudo apt install python

Python pip

sudo apt install python-pip

numpy

pip install numpy --user
#Successfully installed numpy-1.16.5

cython

pip install cython --user
#Successfully installed cython-0.29.13

MACS2

pip install MACS2 --user
# Successfully installed MACS2-2.1.2 numpy-1.16.5

pathの調整

$ export PATH=~/.local/bin/:$PATH

MACS2 使い方

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MACS2 でピークコールを行います。ターゲットとなる処理群の BAM ファイルと、コントロールの BAM ファイルを引数で指定します。
他に、ファイル形式やゲノムサイズ、識別名を指定します。オプションで、ピークコールの際のしきい値を指定することができます。

MACS2 使い方 callpeak

$ macs2 callpeak -t target.bam -c control.bam -f BAM -g hs -n name --outdir outdir_name 2> log.txt
$ macs2 callpeak -t target1.bam target2.bam target3.bam -c control1.bam control2.bam control3.bam -f BAM -g hs -n name --outdir outdir_name 2> log.txt

MACS2 使い方 callpeak よく使うオプション

・-t:ターゲットの bam ファイル
・-c:コントロールの bam ファイル
・-f:入力ファイルの形式
・-g:ゲノムサイズを指定(生物名で指定する場合、ヒトゲノムは hs, マウスゲノム mm など)
・-n:任意の識別子(解析の名前)
・-q, -p:q-value や p-value の閾値。(但し、両方同時には指定できない。)

README for MACS (2.1.2) & MACS2 Usage