![バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo]](https://bioinfo-dojo.net/wp-content/uploads/2016/03/some_object_luca-bravo-alS7ewQ41M8-unsplash.jpg)
AWS SSH接続 警告「WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED」の対応
bioinformatics では、サーバーに接続することが多いので、サーバーへの接続エラーの対応なども必要になります。
「REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED」という警告が出たら、既存の「k...
AWS 
シェルスクリプト xargs 並列処理（-P オプション）と時間計測
bioinfomatics では、計算対象となるファイルがたくさんで・サイズが大きいので、並列化は重要なテーマです。
find と xargs は組み合わせて使うことが多いので、並列化をパターンで覚えると良いですね！
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シェルスクリプト gzip 圧縮したテキストファイル 結合と分割
bioinfomatics の解析では、サイズの大きなファイルを扱います。
fastqファイルは圧縮（fastq.gz）して使うことが多いので、圧縮したままで使える「ファイルの結合」や「ファイルの分割」のしかたを覚えておくと便利です...
linuxに関すること ubuntu バージョン確認方法【 GUI・コマンド・図柄】
Linuxで一番人気のディストリビューションといえば、Ubuntuです。
bioinformaticsの計算でもubuntuのサーバーを使うことがあるかもしれません。そんなとき、必要なソフトウェアをインストールのにバージョンを確認す...
シェルスクリプト scp コマンド | fastq や bam ファイルをサーバーへコピーする
bioinfomatics では、サーバーを使うことがほとんどなので、パソコンとサーバー間のファイルのやりとりはネットワーク経由で行います。リモートマシンとの間でファイルをコピーするコマンド scp の使い方を覚えておきましょう。
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シェルスクリプト xargs 引数を上手に使う | find と xargs でファイルのリネームやコピーをひと工夫
bioinformaticsでは、たくさんのファイルを使うことが多いので、ファイル処理は効率的に行いたいですね。このようなときfind コマンドや xargs コマンドが役に立ちます。
例えば、fastqファイルの拡張子を、fq.g...
linuxに関すること Linuxで仕事 | Dconf-editorでワークスペースのアプリ切り替えを制限することで作業効率UP！
作業効率のアップのために、ubuntuにインストールしておきたいツールdconf-editorを紹介！アプリの切り替えをワークスペース別に管理できて、作業に集中しやすくなります。
アプリの切り替えをワークスペースに限定したい
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linuxに関すること emacs | nautilus（ubuntu版エクスプローラー）を立ち上げる
ubuntuでemacsを使っている場合、ファイル操作に必要なことはほとんどできてしまいます。しかし、nautilus（ubuntu版エクスプローラー）をカレントディレクトリで直接起動できる設定を施しておくと、もっと便利に使いこなせるよう...
シェルスクリプト bash | プロンプト変更 複数サーバーにログインしたときの混乱よ「サヨナラ」
bashのプロンプト変更は、複数のサーバーを利用している場合にログイン（どのサーバーにいるか）の区別がしやすくなる等の利点があります。
bashのプロンプトをわかりやすく変更したい
プロンプトのデフォルト表記は、以下のような構...
シェルスクリプト パス名からファイル名を取得する方法
パス名からファイル名を抽出する場合は、basenameコマンドを使うと簡単です。
$ find . -name "test.txt"
/aaa/bbb/ccc/test.txt
$ find . -name "test.txt...