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Python

Entrez efetchで配列レコードを取得する

GenBankから特定のゲノムデータをダウンロードするには、BioPythonのEntrezインターフェースを使用することができます。Entrezは、NCBIのデータベースにアクセスするためのAPIです。 Entrez efetchのサンプ...
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ヒートマップの作図【python】

ヒートマップとは? ヒートマップはデータのマトリックスを色の濃淡で表現する強力な視覚化ツールで、特に遺伝子発現データのような大量の情報を扱う場合に有用です。 ここでは、Pythonのseabornライブラリを使用してヒートマップを描く簡単な...
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ボルケーノプロットの作図【python】

ボルケーノプロットとは? ボルケーノプロットは、遺伝子発現実験などで一般的に使用される視覚化手法です。これは、各遺伝子に対する統計的有意性と発現量の変化をプロットすることで、大規模なデータセットから有意な変化を示す遺伝子を簡単に特定するのに...
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バイオリンプロットの作図【python】

バイオリンプロットとは? バイオリンプロットは、データの分布を視覚化するのに役立つプロットで、箱ひげ図とカーネル密度推定を組み合わせたものです。これにより、データの分布の形状をより詳細に理解することができます。Pythonでバイオリンプロッ...
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マンハッタンプロットの作図【python】

マンハッタンプロットとは? マンハッタンプロットは、ゲノムワイド関連研究(GWAS)の結果を視覚化するためによく使用されます。ここでは、簡単なマンハッタンプロットを作成するためのサンプルプログラムを紹介します。 マンハッタンプロット作成サン...
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Pythonでmodel.fitするときの引数の意味がわからない?Sequential()で作ったモデルについて解説

シーケンシャルモデルの作成 PythonのKerasライブラリで提供されるSequential()関数は、シーケンシャルモデルを作成するためのものです。Sequentialモデルは、各レイヤーが次のレイヤーの入力として順番に処理される非常に...
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簡単に学ぶPythonのLogisticRegression!初心者でもわかる使い方とは?

linear_model.LogisticRegressionは、ロジスティック回帰モデルを構築するためのクラスです。ロジスティック回帰モデルは、2値分類問題を解くために用いられる機械学習アルゴリズムの一つです。 以下は、linear_mo...
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Pythonで配列を自在に操ろう!array.reshapeの使い方

一発で配列の形状を変更!array.reshapeのスマートな使い方 array.reshapeの使い方 array.reshape() は、NumPyの多次元配列(ndarray)の形状を変更するための関数です。引数に新しい形状を指定する...
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PythonのNumPyで配列を扱う方法〜Arrayの基礎知識

NumPyのArrayについて基礎知識を身につけよう NumPy array の特徴 NumPy は、高速で効率的な数値計算を行うための Python ライブラリです。その中でも、numpy.array は、多次元配列を効率的に扱うことがで...
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【超入門】PythonのNumPy dot関数で簡単に行列計算をしてみよう

numpy.dot()は、2つの配列のドット積(内積)を計算する関数です。ドット積とは、2つの配列の対応する要素の積の和であり、2つの配列が同じ次元である必要があります。ドット積の計算方法は以下のようになります。 numpy.dot(a, ...
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