samtools v1.3 使い方 インストール

こんにちは、くまぞうです。

今回はSAM tools v1.3のインストールに挑戦です。make作業が必要です。

スポンサーリンク



インストール

インストール情報に従い、ダウンロード&ビルド・インストール作業にてインストールします。

場所
# cd /usr/local
DL
# wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/1.3/samtools-1.3.tar.bz2
展開
# tar jxf samtools-1.3.tar.bz2
ビルド
# cd samtools-1.3
# ./configure
# make
# make install

インストール確認

samtoolsを呼び出して、使い方やオプションが表示されればインストール完了です。

$ samtools
エラーが発生する場合
  • インストール作業に問題なかったのに、「インストールされていない」というエラーが発生する。
    “The program ‘application’ is currently not installed. You can install it by typing: sudo apt-get install application”
    このような場合は、パスが通っていません。パスを通しましょう。
  • インストール時に、エラーが発生していたが無視した。
    特に「.」が見落とされがちです。linuxでは「.」にも意味があるので注意しましょう。エラーが発生したところから、やり直して下さい。
  • 必要なライブラリが無いというエラーが表示される場合(libncurses5-dev)
    The ‘samtools tview’ command uses the curses text user interface library.
    … as libncurses5-dev (on Debian or Ubuntu Linux) or …
    libncurses5-devをインストール後(apt-get install libncurses5-dev)、configure & make
  • 必要なライブラリが無いというエラーが表示される場合(zlib1g-dev)
    Samtools uses compression routines from the zlib library <http://zlib.net>.
    … as zlib1g-dev (on Debian or Ubuntu Linux) or …
    zlib1g-devをインストール後(apt-get install zlib1g-dev)、configure & make
  • コンパイルできないというエラーが表示される場合
    コンパイル環境を準備後、configure & make
    sudo apt-get update
    sudo apt-get install gcc
    sudo apt-get install make
参考情報

samtools home
samtools building & installing
samtools manual

スポンサーリンク





ピックアップ記事

  1. R 使い方 グラフの色 自作のカラーパレットとデフォルトのカラーパレット

    グラフを描画する際、色の組み合わせを1つ1つ考えるのは面倒ですよね。Rには、あらかじめ色の組み合わ…
  2. awk split サンプルでわかる列の分割とセパレータ(文字・正規表現)の指定方法

    awkのsplit関数は、セパレータを指定して文字列を分割することができます。セパレータには文字や…
  3. awk if サンプルでわかる条件文の書き方 一致・大小比較・正規表現を簡潔に書く方法

    awkのif条件文は、条件によって処理をわけたいときに使います。条件式では、0の判定・関係演算子・…

人気記事

  1. R データ型 - 文字列・ベクター・データフレーム・マトリックス など-, R言語, スクリプト

    R subset関数 データフレームやmatrixからの条件指定による行・列の抽出
    R の subset関数は、データフレームやマトリックスか…
  2. IGV, 解析ツール

    IGV 使い方 インストール〜便利な使い方まで | リファレンス・マッピングデータ・アノテーションを読み込んで表示しよう
    IGV(Integrative Genomics View…
  3. Excel, その他, 統計

    z-score 計算方法 エクセル(Excel) 編
    統計処理で、大きく変化しているなどの判断基準にも使われる値…

おすすめ記事

  1. bash 応用, シェルスクリプト

    シェル スクリプト ファイル存在チェック・空のファイルチェック
    bashでスクリプトを作成するときに、よく使うのがファイル…
  2. R言語, グラフ

    R 使い方 軸・ラベルの調整(向き・サイズ・色など) グラフの描き方
    Rによるplot(グラフ)の描画は、手軽で大変便利です。た…
  3. awk, bash 文字列操作, シェルスクリプト

    bash 部分文字列・置換・長さ・連結・分割の文字列処理
    bashのよく使う文字列処理、部分文字列・置換・連結・長さ…