samtools v1.3 使い方 インストール

こんにちは、くまぞうです。

今回はSAM tools v1.3のインストールに挑戦です。make作業が必要です。

スポンサーリンク



インストール

インストール情報に従い、ダウンロード&ビルド・インストール作業にてインストールします。

場所
# cd /usr/local
DL
# wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/1.3/samtools-1.3.tar.bz2
展開
# tar jxf samtools-1.3.tar.bz2
ビルド
# cd samtools-1.3
# ./configure
# make
# make install

インストール確認

samtoolsを呼び出して、使い方やオプションが表示されればインストール完了です。

$ samtools
エラーが発生する場合
  • インストール作業に問題なかったのに、「インストールされていない」というエラーが発生する。
    “The program ‘application’ is currently not installed. You can install it by typing: sudo apt-get install application”
    このような場合は、パスが通っていません。パスを通しましょう。
  • インストール時に、エラーが発生していたが無視した。
    特に「.」が見落とされがちです。linuxでは「.」にも意味があるので注意しましょう。エラーが発生したところから、やり直して下さい。
  • 必要なライブラリが無いというエラーが表示される場合(libncurses5-dev)
    The ‘samtools tview’ command uses the curses text user interface library.
    … as libncurses5-dev (on Debian or Ubuntu Linux) or …
    libncurses5-devをインストール後(apt-get install libncurses5-dev)、configure & make
  • 必要なライブラリが無いというエラーが表示される場合(zlib1g-dev)
    Samtools uses compression routines from the zlib library <http://zlib.net>.
    … as zlib1g-dev (on Debian or Ubuntu Linux) or …
    zlib1g-devをインストール後(apt-get install zlib1g-dev)、configure & make
  • コンパイルできないというエラーが表示される場合
    コンパイル環境を準備後、configure & make
    sudo apt-get update
    sudo apt-get install gcc
    sudo apt-get install make
参考情報

samtools home
samtools building & installing
samtools manual

スポンサーリンク





今週よく読まれている記事

  1. 学会・会議で英語が絶望的にできなくて困るケース | オンライン開催で「英語力のなさ」を痛感した場合の対処法

    学会・会議で英語ができなくてに困るケース学会やイベント・会議などが、オンラインで開催される…
  2. r tidyverse 使い方 | 列 filter 絞り込み select関数 – dplyrパッケージ

    tidyverseで1つのデータフレームの列の絞り込みは、dplyrパッケージのselect関数を…
  3. プログラミングで疲れた脳をリフレッシュ 〜 鬼滅の刃「感動」と「やる気アップ」でストレス発散!

    ストレス発散は鬼滅で。「50%OFF」で読む!脳のパフォーマンスを上げるには、適度な休憩と…
  4. AWS ディスク容量不足 新しいボリュームを追加する

    バイオインフォマティクスでは大きなファイルを扱うことがあるので、ディスク不足に陥ることがあります。…
  5. 「知っている」と「知らない」とでは、もしものとき、大違いになる – コロナうつ対策

    コロナうつなどという言葉を聞くようになりましたが、派遣切り、解雇、リストラは、これから本格化します…

カテゴリー

人気記事

  1. R言語

    R subset関数 データフレームやmatrixからの条件指定による行・列の抽出
    R の subset関数は、データフレームやマトリックスか…
  2. IGV, 解析ツール

    IGV 使い方 インストール〜便利な使い方まで | リファレンス・マッピングデータ・アノテーションを読み込んで表示しよう
    IGV(Integrative Genomics View…
  3. Excel, 統計

    z-score 計算方法 エクセル(Excel) 編
    統計処理で、大きく変化しているなどの判断基準にも使われる値…

おすすめ記事

  1. awk, シェルスクリプト

    bash 部分文字列・置換・長さ・連結・分割の文字列処理
    bashのよく使う文字列処理、部分文字列・置換・連結・長さ…
  2. R言語, グラフ

    R 使い方 軸・ラベルの調整(向き・サイズ・色など) グラフの描き方
    Rによるplot(グラフ)の描画は、手軽で大変便利です。た…
  3. シェルスクリプト

    シェルスクリプト | ファイル存在チェック・空ファイルチェック
    bashでスクリプトを作成するときに、よく使うのがファイル…