samtools 使い方 インストール

SAM tools のインストールについて、バージョン毎にまとめました。

手順は同じ。指定バージョンを探すのが面倒なので、それぞれ整理しました。

インストール

インストール情報に従い、ダウンロード&ビルド・インストール作業にてインストールします。

バージョン別 インストール

過去のバージョン

# cd /usr/local
# wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/1.3/samtools-1.3.tar.bz2
# tar jxf samtools-1.3.tar.bz2
# cd samtools-1.3
# ./configure
# make
# make install

v 1.9

# cd /usr/local
# wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2
# tar jxf samtools-1.9.tar.bz2
# cd samtools-1.9
# ./configure
# make
# make install

v 1.10

# cd /usr/local
# wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.10/samtools-1.10.tar.bz2
# tar jxf samtools-1.10.tar.bz2
# cd samtools-1.10
# ./configure
# make
# make install

インストール確認

samtoolsを呼び出して、使い方やオプションが表示されればインストール完了です。

$ samtools

エラーが発生する場合

  • インストール作業に問題なかったのに、「インストールされていない」というエラーが発生する。
    “The program ‘application’ is currently not installed. You can install it by typing: sudo apt-get install application”
    このような場合は、パスが通っていません。パスを通しましょう。
  • インストール時に、エラーが発生していたが無視した。
    特に「.」が見落とされがちです。linuxでは「.」にも意味があるので注意しましょう。エラーが発生したところから、やり直して下さい。
  • 必要なライブラリが無いというエラーが表示される場合(libncurses5-dev)
    The ‘samtools tview’ command uses the curses text user interface library.
    … as libncurses5-dev (on Debian or Ubuntu Linux) or …
    libncurses5-devをインストール後(apt-get install libncurses5-dev)、configure & make
  • 必要なライブラリが無いというエラーが表示される場合(zlib1g-dev)
    Samtools uses compression routines from the zlib library <http://zlib.net>.
    … as zlib1g-dev (on Debian or Ubuntu Linux) or …
    zlib1g-devをインストール後(apt-get install zlib1g-dev)、configure & make
  • コンパイルできないというエラーが表示される場合
    コンパイル環境を準備後、configure & make
    sudo apt-get update
    sudo apt-get install gcc
    sudo apt-get install make

参考情報

samtools home
samtools building & installing
samtools manual