bash パイプ複数コマンド組み合わせ

バイオインフォ道場、くまぞうです。

複数のコマンドを連続で処理すると、解析作業が効率的に進むときがあります。コマンドの出力結果をソートしたり、さらに絞り込みを行ったりするだけで、分り易い結果になることは良くあることかもしれません。そんなちょっとしたテクニックでは、パイプ（|）を使います。コマンドの結果出力（標準出力）を、次のコマンドへ直接渡すことができます。１つ１つのコマンドを使っても色々なことができますが、パイプを使って複数のコマンドを組み合わせることで、とても便利に使えるようになります。

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パイプの使い方

基本的な使い方

あるコマンドを実行し、その結果を次のコマンドで処理したいときにパイプを使います。例えば、コマンドの結果を、ソートしたり・絞り込みしたり・カウントしたり・置換や列の並び替えを行う機会は良くあります。複数のコマンドを組み合わせると色々なことが出来るようになります。

$ command1 | command2 ... | ...

こんなときはどうする？

ファイル内に同じ行が何個あるかを調べるには？
ファイルをsortコマンドでソート後、uniqコマンドの-cオプションでカウントします。
```
$ cat aaa.txt
Hello A
Hello B
Hello C
Hello C
Hello B
Hello B

$ sort aaa.txt | uniq -c
  1 Hello A
  3 Hello B
  2 Hello C
      
```
ファイル内でキーワードに合致した行の前後を調べて、更にログに記録するには？
ファイルの検索を行うにはgrepコマンドを使います。尚、該当行の前後にも注目したいときは、-Aや-Bなどのオプションを使うと便利です。該当行の存在を目視しつつ、ファイルに保存したければteeコマンドがオススメです。
```
$ seq 1 20 | grep 10 -A1 -B1 | tee log.txt
9
10
11

$ cat log.txt
9
10
11
      
```
ファイル比較のためのsort・grep等の中間ファイルが面倒。簡単にできない？
ファイルの比較にはdiffコマンドを使います。また、同時に良く使われるのがgrepやsortコマンドです。しかし、これらをうまく活かすには一時ファイルを自ら準備する必要があります。このような場合に便利なのがプロセス置換です。パイプ機能と組合せて使うことが多いので、簡単な例を紹介します。プロセス置換とは、内部的な一時ファイルまたは名前付きパイプなどを利用し、それをコマンドの引数として渡す仕組みです。使い方に慣れれば、面倒な処理も一気に処理できるようになるかもしれませんよ。
aaa.txtとbbb.txt、２つのファイルは「A」を含む行について、ソートして比較すれば同じ。実際に、ソートして、絞り込みを行ったファイルを比較します。今回は、プロセス置換<(...)を使うことで、中間ファイルを省略してみようと思います。
```
$ cat aaa.txt
Hello AA
Hello AB
Hello AC
Hello BB

$ cat bbb.txt
Hello AC
Hello AB
Hello AA
Hello BB

$ diff <( grep A aaa.txt | sort ) <( grep A bbb.txt | sort )
$ ## 相違なしで、相違点の表示は無し
      
```