fastp インストール・簡単な使い方・よく使うオプション

fastp とは?

Fastqファイル用の高速前処理ツールです。クオリティの評価(トリミング前後)やトリミング処理を行います。

fastp : https://github.com/OpenGene/fastp

fastp 使い方

簡単な使い方

  • シングルエンド

入力データは、-iでfastqを指定します。トリム後の結果は、-oで指定します。

$ fastp -i in.fq -o out.fq
  • ペアエンド

入力データは、リード1のfastqを-i・リード2のfastqを-Iで指定します。トリム後の結果も、リード1を-o・リード2を-Oで指定します。

$ fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz

レポート

HTML形式(-hオプション:デフォルト)とJSON形式(-jオプション)でレポート出力可能です。

fastp install

Linux環境なら、バイナリーでインストールするのが簡単です。必要に応じて、パスを通すと便利に使えます。

$ cd
$ wget http://opengene.org/fastp/fastp
$ chmod a+x ./fastp

fastp よく使うオプション

  • -3 :3’側のトリミングを許可
  • -q :指定QVを下回ったらカット
  • -n :Nを指定数だけ許容
  • -l :長さが指定長さ以上なら許容
  • -t :read1末尾を指定した数だけ削る
  • -T :read2末尾を指定した数だけ削る
  • -w :スレッド数
  • –detect_adapter_for_pe :ペアエンドの際のadapterトリミング

まとめ

  • fastpは、Fastqファイル用の高速前処理ツール。
  • クオリティの評価(トリミング前後)やトリミング処理を一度に行えて便利。
  • HTML形式(-hオプション:デフォルト)で結果を確認できる。