fastp インストール・簡単な使い方・よく使うオプション
目次
fastp とは？
Fastqファイル用の高速前処理ツールです。クオリティの評価（トリミング前後）やトリミング処理を行います。
fastp : https://github.com/OpenGene/fastp
fastp 使い方
簡単な使い方
- シングルエンド
入力データは、-iでfastqを指定します。トリム後の結果は、-oで指定します。
$ fastp -i in.fq -o out.fq
- ペアエンド
入力データは、リード１のfastqを-i・リード２のfastqを-Iで指定します。トリム後の結果も、リード１を-o・リード２を-Oで指定します。
$ fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz
レポート
HTML形式（-hオプション：デフォルト）とJSON形式（-jオプション）でレポート出力可能です。
fastp install
Linux環境なら、バイナリーでインストールするのが簡単です。必要に応じて、パスを通すと便利に使えます。
$ cd $ wget http://opengene.org/fastp/fastp $ chmod a+x ./fastp
fastp よく使うオプション
- -3 ：3’側のトリミングを許可
- -q ：指定QVを下回ったらカット
- -n ：Nを指定数だけ許容
- -l ：長さが指定長さ以上なら許容
- -t ：read1末尾を指定した数だけ削る
- -T ：read2末尾を指定した数だけ削る
- -w ：スレッド数
- –detect_adapter_for_pe ：ペアエンドの際のadapterトリミング
まとめ
- fastpは、Fastqファイル用の高速前処理ツール。
- クオリティの評価（トリミング前後）やトリミング処理を一度に行えて便利。
- HTML形式（-hオプション：デフォルト）で結果を確認できる。
