fastp インストール・簡単な使い方・よく使うオプション

fastp とは？

Fastqファイル用の高速前処理ツールです。クオリティの評価（トリミング前後）やトリミング処理を行います。

fastp : https://github.com/OpenGene/fastp

fastp 使い方

簡単な使い方

  • シングルエンド

入力データは、-iでfastqを指定します。トリム後の結果は、-oで指定します。

$ fastp -i in.fq -o out.fq
  • ペアエンド

入力データは、リード１のfastqを-i・リード２のfastqを-Iで指定します。トリム後の結果も、リード１を-o・リード２を-Oで指定します。

$ fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz

レポート

HTML形式（-hオプション：デフォルト）とJSON形式（-jオプション）でレポート出力可能です。

fastp install

Linux環境なら、バイナリーでインストールするのが簡単です。必要に応じて、パスを通すと便利に使えます。

$ cd
$ wget http://opengene.org/fastp/fastp
$ chmod a+x ./fastp

fastp よく使うオプション

  • -3 ：3’側のトリミングを許可
  • -q ：指定QVを下回ったらカット
  • -n ：Nを指定数だけ許容
  • -l ：長さが指定長さ以上なら許容
  • -t ：read1末尾を指定した数だけ削る
  • -T ：read2末尾を指定した数だけ削る
  • -w ：スレッド数
  • –detect_adapter_for_pe ：ペアエンドの際のadapterトリミング

まとめ

  • fastpは、Fastqファイル用の高速前処理ツール。
  • クオリティの評価（トリミング前後）やトリミング処理を一度に行えて便利。
  • HTML形式（-hオプション：デフォルト）で結果を確認できる。

Related Posts