Miniconda 使い方 | インストール と 環境作成・環境利用

Miniconda install

公式サイトから、最新版 Miniconda installer(各OS毎)のシェルファイルをダウンロードします。

Miniconda

$ wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

Miniconda パス設定

インストール時に、Minicondaのパスが通されます。

「shellを開き直す」か「設定ファイルの再読み」で設定が有効になります。

$ . ~/.bashrc

$ which conda #パスの確認
/home/miniconda3/condabin/conda

Miniconda 使い方

環境作成

Python本体やライブラリを、環境毎にインストール・設定でできます。

例として、環境名をmy_env、Python バージョンを3.7で環境構築してみます。

$ conda create -n "my_env" python=3.7
$ conda activate my_env

$ which python
/home/miniconda3/envs/my_env/bin/python

$ python --version
Python 3.7.7

環境利用

作成した環境を利用する場合

$ conda activate my_env #環境名を指定

環境から抜ける場合

$ conda deactivate

環境にインストールされたパッケージの確認

$ conda list

環境にパッケージをインストール

$ conda install [package]

環境にパッケージをインストール(bioconda : チャンネルの追加)

$ conda install -c bioconda [package]

conda – Command reference