ratio 1.5倍は、logFCで何?

bioinfomatics では、ratio や logFC を変動の閾値としてよく使います。

ratio 2倍・4倍なら、対数表現も1・2と簡単にわかりますが、1.5倍などを閾値とした場合は、対数で何になるか覚えておくのは大変です。これらは、Rのコマンドや電卓で簡単に確認できるので、確認方法を覚えておけば安心です。

ratio 1.5 が logFC で何なのか、たまにわからなくなるんだけど・・・。覚えておくのは大変だなぁ・・・。

Rのコマンドや、電卓のプログラミングモードで確認できるよ。

Rの簡単な関数(コマンド)で確認できると嬉しいな!暗記しなくてもいいんだね!

Rや電卓でのlogの計算方法は簡単だから、暗記しなくていいね。

ratio 1.5倍が logFC で何かを確認する方法

Rの関数で確認する場合

log2は、底が2の対数を求める関数です。Rを起動して、log2関数に求めたい数を入力します。

# Rを起動
log2(2)
[1] 1

log2(1.5)
[1] 0.5849625 

電卓で確認する場合

ubuntu の電卓(プログラミングモード)で確認しました。
「log2」ボタンを使います。

底の変換公式を覚えておくと便利

ちなみに、底が自然対数しか使えない場合、log2(1.5)を求めるときは、底の変換公式を使って計算します。

$ bc -l # bc 標準数学ライブラリを使用

l(1.5)/l(2)
.58496250072115618144



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