ベン図を入れ替える場合、左右の回転を指定します。
180度で左右反転します。
venn.diagram(x=list("A"=1:9, "B"=5:16), filename="venn_diagram.tiff", scaled=F, cat.pos=c(0,0))

venn.diagram(x=list("A"=1:9, "B"=5:16), filename="venn_diagram_reverse.tiff", rotation.degree=180, scaled=F, cat.pos=c(0,0))

ちなみに、ベン図を描くには、「VennDiagram」のインストール・ロードが必要です。
install.packages("VennDiagram") #インストール library(VennDiagram) #ライブラリのロード