R 使い方 | volcano plot 描き方(ボルケーノプロット)

volcano plotは、発現解析の結果を表現でよく使われるグラフです。

横軸に発現比(logFC)、縦軸にpvalue(-log10した値)をとります。

Rを使って、volcano plot (ボルケーノ プロット)を作成します。

valcano plot 描き方

単純な volcano-plot

> plot(-log10(comp_pValue) ~ comp_logFC)

または

> plot(comp_logFC, -log10(comp_pValue))

データフレームから必要な列を抽出して描く場合は、tidyverseのtransmutateを使うと便利です。

library(tidyverse)

> de_result <- read_tsv("de_result.tsv")

> vdata <- de_result %>% transmute(GeneSymbol, x=comp_logFC, y=-log10(comp_pValue))
> plot(vdata$y ~ vdata$x)

volcano-plot に色を付ける

条件(p値 0.05以下、|logFC|>1)でボルケーノプロットに色をつけました。タイトル・軸ラベルも追加しました。

> plot(y ~ x, 
       main="volcano-plot",
       xlab="log2 fold change",
       ylab="-log10 p-value",
       col=ifelse(y>-log10(0.05), 
           ifelse(abs(x)>1, ifelse(x>0, "red", "blue"), 
           "black"), "black"),
       data=vdata
      )

領域を区切る補助線をひきたい場合は、ablineで追加します。

abline(v=1, lty=2)
abline(v=-1, lty=2)

ちなみに、画像で保存する場合は、png(“volocano-plot.png”) 〜 dev.off()で囲みます。

> png("volocano-plot.png")

> plot(y ~ x, 
       main="volcano-plot",
       xlab="log2 fold change",
       ylab="-log10 p-value",
       col=ifelse(y>-log10(0.05), 
           ifelse(abs(x)>1, ifelse(x>0, "red", "blue"), 
           "black"), "black"),
       data=vdata
      )

> abline(v=1, lty=2)
> abline(v=-1, lty=2)
> abline(h=-log10(0.05), lty=2)

> dev.off()

おすすめ

Rによるバイオインフォマティクスデータ解析 第2版 -Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング



カテゴリー

今週よく読まれている記事

  1. 学会・会議で英語が絶望的にできなくて困るケース | オンライン開催で「英語力のなさ」を痛感した場合の対処法

    学会・会議で英語ができなくてに困るケース学会やイベント・会議などが、オンラインで開催される…
  2. r tidyverse 使い方 | 列 filter 絞り込み select関数 – dplyrパッケージ

    tidyverseで1つのデータフレームの列の絞り込みは、dplyrパッケージのselect関数を…
  3. プログラミングで疲れた脳をリフレッシュ 〜 鬼滅の刃「感動」と「やる気アップ」でストレス発散!

    ストレス発散は鬼滅で。「50%OFF」で読む!脳のパフォーマンスを上げるには、適度な休憩と…
  4. AWS ディスク容量不足 新しいボリュームを追加する

    バイオインフォマティクスでは大きなファイルを扱うことがあるので、ディスク不足に陥ることがあります。…
  5. 「知っている」と「知らない」とでは、もしものとき、大違いになる – コロナうつ対策

    コロナうつなどという言葉を聞くようになりましたが、派遣切り、解雇、リストラは、これから本格化します…

人気記事

  1. Excel, 統計

    z-score 計算方法 エクセル(Excel) 編
    統計処理で、大きく変化しているなどの判断基準にも使われる値…
  2. IGV, 解析ツール

    IGV 使い方 インストール〜便利な使い方まで | リファレンス・マッピングデータ・アノテーションを読み込んで表示しよう
    IGV(Integrative Genomics View…
  3. R言語

    R subset関数 データフレームやmatrixからの条件指定による行・列の抽出
    R の subset関数は、データフレームやマトリックスか…

おすすめ記事

  1. シェルスクリプト

    シェルスクリプト | ファイル存在チェック・空ファイルチェック
    bashでスクリプトを作成するときに、よく使うのがファイル…
  2. awk, シェルスクリプト

    bash 部分文字列・置換・長さ・連結・分割の文字列処理
    bashのよく使う文字列処理、部分文字列・置換・連結・長さ…
  3. R言語, グラフ

    R 使い方 軸・ラベルの調整(向き・サイズ・色など) グラフの描き方
    Rによるplot(グラフ)の描画は、手軽で大変便利です。た…