scp コマンド | fastq や bam ファイルをサーバーへコピーする

bioinfomatics では、サーバーを使うことがほとんどなので、パソコンとサーバー間のファイルのやりとりはネットワーク経由で行います。リモートマシンとの間でファイルをコピーするコマンド scp の使い方を覚えておきましょう。

サーバーにファイルをコピーしたいんだけど、どうしたらいいかな?

scp コマンドを使えば、コピーするときに使うcpコマンドと同じように使えるよ。

サーバーから自分のパソコンにコピーしたいときも、scpコマンドでいいのかな?

大丈夫。cpコマンドを使うときと同じように、コピー元とコピー先を入れ替えればいいよ。

scp コマンド 使い方

$ scp [option] コピー元 コピー先 #コマンド実行後、パスワード入力で完了。

scpコマンドは、sshを利用してリモートマシン間でファイルをコピーするコマンドなので、【コピー元】または【コピー先】はリモートマシン(サーバーなど)になります。

もし、コピー先がサーバーだった場合、コマンドに入力するコピー先は、ユーザー名@アドレス:~/dir ような表記になります。反対に、サーバーからローカルにファイルをコピーする場合は、コピー元が同様の表記になります。

尚、ディレクトリを再帰的にコピーする場合は、-r をオプションに指定します。

ローカルからサーバーへのコピー

aaa.fastq.gz を サーバーのホームディレクトリーへコピーします。

$ scp ./aaa.fastq.gz username@example.com:~/

ローカルからサーバーへのコピー(再帰的)

work/ を サーバーのホームディレクトリーへ再帰的にコピーします。

$ scp -r ./work username@example.com:~/

サーバーからローカルへのコピー

サーバーのホームディレクトリー bbb.bamとbbb.bai を ローカルへコピーします。

$ scp username@example.com:~/bbb.bam* ./
bbb.bam      100% 3362     2.4MB/s   00:00    
bbb.bam.bai  100% 3362     3.7MB/s   00:00 

参考図書など

図解でわかるLinux環境設定のすべて



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