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R 使い方 | volcano plot 描き方(ボルケーノプロット)

volcano plotは、発現解析の結果を表現でよく使われるグラフです。 横軸に発現比(logFC)、縦軸にpvalue(-log10した値)をとります。 Rを使って、volcano plot (ボルケーノ プロット)を作成...
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R 4.0 インストール ubuntu

Rのインストール手順について。 最近よくつかう「tidyverse」も一緒にインストールします。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 R 4.0 インストール手順 事前設定 $ su...
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Rの使い方 ベン図 左右入れ替え

ベン図を入れ替える場合、左右の回転を指定します。 180度で左右反転します。 venn.diagram(x=list("A"=1:9, "B"=5:16), filename="venn_diag...
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AnnotationHub インストール

bioinformatics では「R」をよくつかいますが、パッケージのインストールなのでトラブルことがあります。 アノテーション作業で使う機会があるかもしれない、AnnotationHub インストールについて。 R...
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ratio 1.5倍は、logFCで何?

bioinfomatics では、ratio や logFC を変動の閾値としてよく使います。 ratio 2倍・4倍なら、対数表現も1・2と簡単にわかりますが、1.5倍などを閾値とした場合は、対数で何になるか覚えておくのは大変です...
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r tidyverse 使い方 | 列分割 separate関数 – tidyrパッケージ

tidyverseで1つの列(文字列型)を分割して別の列に分けるには、tidyrパッケージのseparate関数を使います。separate関数は、「指定した列」を「指定した区切り文字」で分割します。Rの標準的な操作strsplit関数を...
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r tidyverse 使い方 | 行 グループ毎の処理 group_by関数 – dplyrパッケージ

tidyverseでデータフレームをグループ別に処理する場合、dplyrパッケージのgroup_by関数を使います。group_by関数以降の処理では、グループ毎に計算が行われます。Rの標準的な操作なら、apply系関数を使って同じような...
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r tidyverse 使い方 | データフレーム重複行を削除 distinct関数 – dplyrパッケージ

tidyverseでデータフレームの重複行の削除を行う場合、dplyrパッケージのdistinct関数を使います。重複をチェックする列名を指定し、重複が見つかった行は最初に見つかったデータを残して、それ以外は削除されます。Rの標準的な操作...
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r tidyverse 使い方 | 列の追加 mutate関数 – dplyrパッケージ

tidyverseでデータフレームに列を追加する場合は、dplyrパッケージのmutate関数を使います。新しい列を追加したり、既にある列に上書きすることができます。また、transmutateという関数を使った場合は、列を追加しつつ、s...
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r tidyverse 使い方 | 行のソート arrange関数 – dplyrパッケージ

tidyverseで1つのデータフレームに対する行のソートは、dplyrパッケージのarrange関数を使います。arrange関数は、データフレームの行をソートする関数です。エクセルの行の並べ替えのように、優先度の高いものから複数の条件...
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