![バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo]](https://bioinfo-dojo.net/wp-content/uploads/2016/03/some_object_luca-bravo-alS7ewQ41M8-unsplash.jpg)
R言語 R 使い方 | volcano plot 描き方（ボルケーノプロット）
volcano plotは、発現解析の結果を表現でよく使われるグラフです。
横軸に発現比(logFC)、縦軸にpvalue(-log10した値)をとります。
Rを使って、volcano plot （ボルケーノ プロット）を作成...
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R言語 R 4.0 インストール ubuntu
Rのインストール手順について。
最近よくつかう「tidyverse」も一緒にインストールします。
とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談
R 4.0 インストール手順
事前設定
$ su...
R言語 Rの使い方 ベン図 左右入れ替え
ベン図を入れ替える場合、左右の回転を指定します。
１８０度で左右反転します。
venn.diagram(x=list("A"=1:9, "B"=5:16),
filename="venn_diag...
R言語 AnnotationHub インストール
bioinformatics では「R」をよくつかいますが、パッケージのインストールなのでトラブルことがあります。
アノテーション作業で使う機会があるかもしれない、AnnotationHub インストールについて。
R...
R言語 ratio 1.5倍は、logFCで何？
bioinfomatics では、ratio や logFC を変動の閾値としてよく使います。
ratio 2倍・4倍なら、対数表現も１・２と簡単にわかりますが、1.5倍などを閾値とした場合は、対数で何になるか覚えておくのは大変です...
R言語 r tidyverse 使い方 | 列分割 separate関数 – tidyrパッケージ
tidyverseで１つの列（文字列型）を分割して別の列に分けるには、tidyrパッケージのseparate関数を使います。separate関数は、「指定した列」を「指定した区切り文字」で分割します。Rの標準的な操作strsplit関数を...
R言語 r tidyverse 使い方 | 行 グループ毎の処理 group_by関数 – dplyrパッケージ
tidyverseでデータフレームをグループ別に処理する場合、dplyrパッケージのgroup_by関数を使います。group_by関数以降の処理では、グループ毎に計算が行われます。Rの標準的な操作なら、apply系関数を使って同じような...
R言語 r tidyverse 使い方 | データフレーム重複行を削除 distinct関数 – dplyrパッケージ
tidyverseでデータフレームの重複行の削除を行う場合、dplyrパッケージのdistinct関数を使います。重複をチェックする列名を指定し、重複が見つかった行は最初に見つかったデータを残して、それ以外は削除されます。Rの標準的な操作...
R言語 r tidyverse 使い方 | 列の追加 mutate関数 – dplyrパッケージ
tidyverseでデータフレームに列を追加する場合は、dplyrパッケージのmutate関数を使います。新しい列を追加したり、既にある列に上書きすることができます。また、transmutateという関数を使った場合は、列を追加しつつ、s...
R言語 r tidyverse 使い方 | 行のソート arrange関数 – dplyrパッケージ
tidyverseで１つのデータフレームに対する行のソートは、dplyrパッケージのarrange関数を使います。arrange関数は、データフレームの行をソートする関数です。エクセルの行の並べ替えのように、優先度の高いものから複数の条件...