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R 使い方 | volcano plot 描き方（ボルケーノプロット）

volcano plotは、発現解析の結果を表現でよく使われるグラフです。横軸に発現比(logFC)、縦軸にpvalue(-log10した値)をとります。 Rを使って、volcano plot （ボルケーノプロット）を作成...

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Rのインストール手順について。最近よくつかう「tidyverse」も一緒にインストールします。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談 R 4.0 インストール手順事前設定 $ su...

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ベン図を入れ替える場合、左右の回転を指定します。１８０度で左右反転します。 venn.diagram(x=list("A"=1:9, "B"=5:16), filename="venn_diag...

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bioinformatics では「R」をよくつかいますが、パッケージのインストールなのでトラブルことがあります。アノテーション作業で使う機会があるかもしれない、AnnotationHub インストールについて。 R...

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bioinfomatics では、ratio や logFC を変動の閾値としてよく使います。 ratio 2倍・4倍なら、対数表現も１・２と簡単にわかりますが、1.5倍などを閾値とした場合は、対数で何になるか覚えておくのは大変です...

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tidyverseで１つの列（文字列型）を分割して別の列に分けるには、tidyrパッケージのseparate関数を使います。separate関数は、「指定した列」を「指定した区切り文字」で分割します。Rの標準的な操作strsplit関数を...

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tidyverseでデータフレームをグループ別に処理する場合、dplyrパッケージのgroup_by関数を使います。group_by関数以降の処理では、グループ毎に計算が行われます。Rの標準的な操作なら、apply系関数を使って同じような...

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tidyverseでデータフレームの重複行の削除を行う場合、dplyrパッケージのdistinct関数を使います。重複をチェックする列名を指定し、重複が見つかった行は最初に見つかったデータを残して、それ以外は削除されます。Rの標準的な操作...

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tidyverseでデータフレームに列を追加する場合は、dplyrパッケージのmutate関数を使います。新しい列を追加したり、既にある列に上書きすることができます。また、transmutateという関数を使った場合は、列を追加しつつ、s...

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tidyverseで１つのデータフレームに対する行のソートは、dplyrパッケージのarrange関数を使います。arrange関数は、データフレームの行をソートする関数です。エクセルの行の並べ替えのように、優先度の高いものから複数の条件...

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