解析ツール

マッピング率が低いときの対応方法 – Trimmomatic 除去アダプターの登録方法

マッピング率が極端に低い場合は、使用しているシーケンサ特有のアダプター配列がリードに残っていないか確認するとうまくいくケースがあります。特に、ライブラリーサイズが小さくなった場合は、シーケンサ内部のソフトで特有の配列が除去しきれず...

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bamファイルに対してfastqcを実行したら、メモリが足りないというエラーが発生しました。実行環境は十分にメモリーを積んでいたので、fastqc実行時のjavaのメモリーオプションを強制的に書き換えて実行したら、正常終了しました。 ...

FastQCメインコンテンツ解析ツール

bowtieを--bestモードで実行したところ、メモリーに関するワーニング（警告）が大量に表示されました。エラーではないので処理は進んでいくのですが、「マッピング結果に影響を与えないか？」という点がとても気になりました。そこで、--ch...

bowtieメインコンテンツ解析ツール

Miniconda install 公式サイトから、最新版 Miniconda installer（各OS毎）のシェルファイルをダウンロードします。 Miniconda $ wget $ bash Miniconda3...

bioconda

trinotateは、trinityのアセンブル結果にアノテーションをつけるツールです。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談 trinotate install Trinotate 便利な...

biocondaTrinitytrinotateメインコンテンツ

Trinityを、一番「簡単に動かす方法」だと思います。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談 Trinity in Docker 使い方アセンブルツール Trinity（de novo tra...

Trinityメインコンテンツ

Fastqファイル用の高速前処理ツールです。クオリティの評価（トリミング前後）やトリミング処理を行います。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談 fastp とは？ fastp : fas...

fastpFastQCメインコンテンツ解析ツール

MACS2、良く使われている ChIP-Seq 解析用の peak caller です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談 macs2 色々なサイトで、macs2 のインストール方法や使い方が...

MACS2メインコンテンツ解析ツール

HISAT2のindexファイルを、hisat2-buildコマンドで自ら生成します。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談 HISAT2 pre-built index 以下の生物種については、...

HISAT2メインコンテンツ解析ツール

HISAT2 インストール HISAT2のサイトにインストールが簡単なバイナリー版が準備してあるので、ダウンロードして使います。使用したのは、「Linux x86_64 binary」版です。 HISAT2 HI...

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