メインコンテンツ マッピング率が低いときの対応方法 – Trimmomatic 除去アダプターの登録方法 マッピング率が極端に低い場合は、使用しているシーケンサ特有のアダプター配列がリードに残っていないか確認するとうまくいくケースがあります。特に、ライブラリーサイズが小さくなった場合は、シーケンサ内部のソフトで特有の配列が除去しきれずに残るケー... メインコンテンツ解析ツール
FastQC fastqc memory error – java実行時により大きなメモリを割り当てる方法 bamファイルに対してfastqcを実行したら、メモリが足りないというエラーが発生しました。実行環境は十分にメモリーを積んでいたので、fastqc実行時のjavaのメモリーオプションを強制的に書き換えて実行したら、正常終了しました。とにかく... FastQCメインコンテンツ解析ツール
bowtie bowtie メモリー関連のエラー Warning: Exhausted best-first chunk memory for read bowtieを--bestモードで実行したところ、メモリーに関するワーニング(警告)が大量に表示されました。エラーではないので処理は進んでいくのですが、「マッピング結果に影響を与えないか?」という点がとても気になりました。そこで、--chu... bowtieメインコンテンツ解析ツール
bioconda Miniconda 使い方 | インストール と 環境作成・環境利用 Miniconda install公式サイトから、最新版 Miniconda installer(各OS毎)のシェルファイルをダウンロードします。Miniconda$ wget $ bash Miniconda3-latest-Linux-... bioconda
bioconda Trinotate インストール | conda/biocondaを使って簡単インストール trinotateは、trinityのアセンブル結果にアノテーションをつけるツールです。とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談trinotate installTrinotate便利なツールなのですが、インストールが必... biocondaTrinitytrinotateメインコンテンツ
Trinity Trinity Docker 面倒な「install作業なし」で一発起動! Trinityを、一番「簡単に動かす方法」だと思います。とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談Trinity in Docker 使い方アセンブルツール Trinity(de novo transcriptome as... Trinityメインコンテンツ
fastp fastp インストール・簡単な使い方・よく使うオプション Fastqファイル用の高速前処理ツールです。クオリティの評価(トリミング前後)やトリミング処理を行います。とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談fastp とは?fastp : fastp 使い方簡単な使い方シングルエ... fastpFastQCメインコンテンツ解析ツール
MACS2 macs2 install & 使い方 MACS2、良く使われている ChIP-Seq 解析用の peak caller です。とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談macs2色々なサイトで、macs2 のインストール方法や使い方がまとめられていますが、バー... MACS2メインコンテンツ解析ツール
HISAT2 hisat2 使い方 | index 作成 HISAT2のindexファイルを、hisat2-buildコマンドで自ら生成します。とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談HISAT2は、高速かつ正確に次世代シーケンシング(NGS)データをリファレンスゲノムにマッピ... HISAT2メインコンテンツ解析ツール
HISAT2 HISAT2 使い方 インストールとマッピング HISAT2 インストールHISAT2のサイトにインストールが簡単なバイナリー版が準備してあるので、ダウンロードして使います。使用したのは、「Linux x86_64 binary」版です。HISAT2HISAT2 インストール手順# ホー... HISAT2解析ツール