解析ツール

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マッピング率が低いときの対応方法 – Trimmomatic 除去アダプターの登録方法

マッピング率が極端に低い場合は、使用しているシーケンサ特有のアダプター配列がリードに残っていないか確認するとうまくいくケースがあります。 特に、ライブラリーサイズが小さくなった場合は、シーケンサ内部のソフトで特有の配列が除去しきれず...
FastQC

fastqc memory error – java実行時により大きなメモリを割り当てる方法

bamファイルに対してfastqcを実行したら、メモリが足りないというエラーが発生しました。実行環境は十分にメモリーを積んでいたので、fastqc実行時のjavaのメモリーオプションを強制的に書き換えて実行したら、正常終了しました。 ...
bowtie

bowtie メモリー関連のエラー Warning: Exhausted best-first chunk memory for read

bowtieを--bestモードで実行したところ、メモリーに関するワーニング(警告)が大量に表示されました。エラーではないので処理は進んでいくのですが、「マッピング結果に影響を与えないか?」という点がとても気になりました。そこで、--ch...
bioconda

Miniconda 使い方 | インストール と 環境作成・環境利用

Miniconda install 公式サイトから、最新版 Miniconda installer(各OS毎)のシェルファイルをダウンロードします。 Miniconda $ wget $ bash Miniconda3...
bioconda

Trinotate インストール | conda/biocondaを使って簡単インストール

trinotateは、trinityのアセンブル結果にアノテーションをつけるツールです。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 trinotate install Trinotate 便利な...
Trinity

Trinity Docker 面倒な「install作業なし」で一発起動!

Trinityを、一番「簡単に動かす方法」だと思います。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 Trinity in Docker 使い方 アセンブルツール Trinity(de novo tra...
fastp

fastp インストール・簡単な使い方・よく使うオプション

Fastqファイル用の高速前処理ツールです。クオリティの評価(トリミング前後)やトリミング処理を行います。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 fastp とは? fastp : fas...
MACS2

macs2 install & 使い方

MACS2、良く使われている ChIP-Seq 解析用の peak caller です。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 macs2 色々なサイトで、macs2 のインストール方法や使い方が...
HISAT2

hisat2 使い方 | index 作成

HISAT2のindexファイルを、hisat2-buildコマンドで自ら生成します。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 HISAT2 pre-built index 以下の生物種については、...
HISAT2

HISAT2 使い方 インストールとマッピング

HISAT2 インストール HISAT2のサイトにインストールが簡単なバイナリー版が準備してあるので、ダウンロードして使います。使用したのは、「Linux x86_64 binary」版です。 HISAT2 HI...
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