Excel

Linuxでエクセル・tsvなどのスプレットシート形式のデータを簡単操作!VisiData

VisiDataを使えば、Linuxでスプレットシート形式のデータが扱いやすくなります。 VisiData とは? VisiDataは、コンソール画面上でエクセルやtsvなどのスプレットシート形式のデータを、見やすく・便利に扱...
linuxに関すること

Midnight Commander (mc) 使い方 基本コマンド10選+

Midnight CommanderはCUIベースのファイルマネージャーです。マウス操作なしで、ファイル操作を快適に行うことができます。表示が2カラムに分かれていて、コピーなどフォルダをまたぐ操作の場合に、コピー先のフォルダの内容も同時に...
R言語

ratio 1.5倍は、logFCで何?

bioinfomatics では、ratio や logFC を変動の閾値としてよく使います。 ratio 2倍・4倍なら、対数表現も1・2と簡単にわかりますが、1.5倍などを閾値とした場合は、対数で何になるか覚えておくのは大変です...
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マッピング率が低いときの対応方法 – Trimmomatic 除去アダプターの登録方法

マッピング率が極端に低い場合は、使用しているシーケンサ特有のアダプター配列がリードに残っていないか確認するとうまくいくケースがあります。 特に、ライブラリーサイズが小さくなった場合は、シーケンサ内部のソフトで特有の配列が除去しきれず...
R言語

r tidyverse 使い方 | 列分割 separate関数 – tidyrパッケージ

tidyverseで1つの列(文字列型)を分割して別の列に分けるには、tidyrパッケージのseparate関数を使います。separate関数は、「指定した列」を「指定した区切り文字」で分割します。Rの標準的な操作strsplit関数を...
R言語

r tidyverse 使い方 | 行 グループ毎の処理 group_by関数 – dplyrパッケージ

tidyverseでデータフレームをグループ別に処理する場合、dplyrパッケージのgroup_by関数を使います。group_by関数以降の処理では、グループ毎に計算が行われます。Rの標準的な操作なら、apply系関数を使って同じような...
R言語

r tidyverse 使い方 | データフレーム重複行を削除 distinct関数 – dplyrパッケージ

tidyverseでデータフレームの重複行の削除を行う場合、dplyrパッケージのdistinct関数を使います。重複をチェックする列名を指定し、重複が見つかった行は最初に見つかったデータを残して、それ以外は削除されます。Rの標準的な操作...
R言語

r tidyverse 使い方 | 列の追加 mutate関数 – dplyrパッケージ

tidyverseでデータフレームに列を追加する場合は、dplyrパッケージのmutate関数を使います。新しい列を追加したり、既にある列に上書きすることができます。また、transmutateという関数を使った場合は、列を追加しつつ、s...
R言語

r tidyverse 使い方 | 行のソート arrange関数 – dplyrパッケージ

tidyverseで1つのデータフレームに対する行のソートは、dplyrパッケージのarrange関数を使います。arrange関数は、データフレームの行をソートする関数です。エクセルの行の並べ替えのように、優先度の高いものから複数の条件...
R言語

r tidyverse 使い方 | 2つのデータフレーム結合 inner_join関数 – dplyrパッケージ

tidyverseで2つのデータフレームの結合は、dplyrパッケージのjoin系関数を使います。キーが共通する部分を結合するinner_join関数がよく使われます。2つのデータフレームの結合条件によって、その他のjoin系関数を使い分...
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