![バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo]](https://bioinfo-dojo.net/wp-content/uploads/2016/03/some_object_luca-bravo-alS7ewQ41M8-unsplash.jpg)
FASTX-Toolkit FASTX-Toolkit 使い方 インストール
FASTX-Toolkitは、次世代シーケンサのFASTA・FASTQの前処理に関連するツールを集めたものです。トリミングやクリッピング、クオリティ処理に関するツールが提供されています。インストール方法について手順を整理します。とにかく早く...
FASTX-Toolkit htseq-count htseq-count 使い方 gene単位・transcript単位の数え方
RNA-Seq解析では、ゲノムに張りついたリードの数を数えます。gene単位・transcript単位の数え方は、オプションで切り替えることができます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談htseq-count 使い...
htseq-count htseq-count 使い方 よく使うオプション
htseq-countは、RNA-Seq解析などでゲノムに張りついたリードの数を数えるツールです。よく使うオプションをまとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談htseq-count 使い方基本的な使い方hts...
htseq-count HTSeq htseq-count 使い方 インストール v0.7.2
htseq-countは、RNA-Seq解析などでリードをゲノムにマッピングしたとき、どこにどのくらい張り付いたかをカウントするプログラムです。HTSeqのインストールには、いくつか事前にインストールしておくべきものがあります。とにかく早く...
R言語 R 使い方 for 繰り返し スクリプトの書き方
Rで単純な繰り返し制御を行う場合は、forを使います。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談for スクリプトの書き方forは繰り返し制御の基本的な構造です。集合には、ベクターやデータフレームなどを使うことができます。...
tophat2 tophat2 使い方 エラーと対策
tophat2でマッピングしていたらエラー終了しました。一応解決したので報告します。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談Tophat2 マッピングで発生したエラーtophat2のマッピングをバックグラウンドで実行した...
R言語 R 使い方 debug（デバッグ）方法 スクリプトの書き方
スクリプトが思ったように動かない、そんなときはバグ（プログラムの間違い）があると言われます。スクリプトを書く場合、そのような間違いを書かないように注意することは当然ですが、完全に防ぐのは難しいことです。スクリプトが思うように動かない場合は、...
SRA_Toolkit SRA_Toolkit 使い方 データ保存フォルダの変更
SRA Toolkiltのprefetchでデータをダウンロードする際の保存フォルダは変更可能です。vdb-configを使って設定します。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談SRA_toolkit デフォルトフォル...
SRA_Toolkit SRA Toolkit 使い方 公開データのダウンロードとsra fastq変換
公開されているFastqデータを活用したい場合は、SRA_toolkitを使うと便利です。データのダウンロードやFastqへの展開がコマンド１つで簡単に実行できます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談SRA Too...
STAR STAR RNA-seq aligner 使い方 インストール・index・マッピング
STARは、RNA-Seq用のマッピングソフトです。非常に高速なマッピングが可能です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談STARとは？STAR インストールダウンロードした圧縮ファイルにプリコンパイル版が含まれてい...