バイオリンプロットの作図【python】

バイオリンプロットとは？

バイオリンプロットは、データの分布を視覚化するのに役立つプロットで、箱ひげ図とカーネル密度推定を組み合わせたものです。これにより、データの分布の形状をより詳細に理解することができます。Pythonでバイオリンプロットを描く簡単な例を紹介します。

バイオリンプロット作成サンプル

seabornとmatplotlibを使用します。

pip install seaborn matplotlib

この例では、遺伝子発現データを模擬的に作成し、バイオリンプロットを作成します。実際のデータセットを使用する場合は、データセットに合わせて調整してください。

import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt
import pandas as pd
import numpy as np

# サンプルデータを生成
np.random.seed(10)  # 再現性のため
data = pd.DataFrame({
    'Gene_Expression': np.random.randn(200),
    'Condition': ['Treatment']*100 + ['Control']*100
})

# バイオリンプロット
plt.figure(figsize=(10, 6))
sns.violinplot(x='Condition', y='Gene_Expression', data=data)

# タイトル
plt.title('Gene Expression under Different Conditions')

# PDFファイルの保存
plt.savefig('gene_expression_violin_plot.pdf', format='pdf')

# プロット表示
plt.show()

サンプルプログラムの簡単な説明

1. ライブラリのインポート
   • seaborn, matplotlib, pandas, numpy
2. サンプルデータの生成
   • pandas DataFrameで、模擬的な遺伝子発現データを作成。
3. バイオリンプロット
   • seabornのviolinplot関数で、条件別に遺伝子発現レベルのバイオリンプロットを描画。
4. タイトルの追加
5. PDFファイルとして保存
6. プロットの表示