ハードディスク容量が足りないかも！ -df, duで使用量を確認-

バイオインフォマティクスでは比較的容量の大きいファイルを使用するので、ハードディスクの容量が足りなくなることもあります。慌てることが無いように、dfコマンドやduコマンドを使ってハードディスクの容量をこまめに確認しましょう。

ディスクの使用状況を調べる

ディスクがどれだけ余っているか？

どのくらいの容量が余っているか？を確認するときは、dfコマンドを使います。引数なしで実行すると、マウントしている全てのファイルシステムについての使用状況（使用中のサイズ・残ディスク容量など）を表示します。数字が大きくなるので、オプションで「-h」をつけると見やすくなります。G（ギガ）やT（テラ）の単位が表示されるので、サッと状況をつかめると思います。

$ df -h
Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
udev            1.9G  4.0K  1.9G   1% /dev
tmpfs           376M  1.8M  375M   1% /run
/dev/sda6       1.4T   34G  1.3T   3% /
...

ディスクをどれだけ使っているか？

どのくらい使っているか？を確認するときは、duコマンドを使います。引数なしで実行すると、カレントディレクトリ以下でディスクをどのくらい使用しているかを調べることができます。数字が大きくなるので、オプションで「-h」をつけると見やすくなります。M（メガ）やK（キロ）の単位が表示されるので、サッと状況をつかめると思います。このとき、たくさんのフォルダやファイルが表示されますが、使用サイズだけを知りたい場合は「-s」をつけると合計使用サイズだけが表示されます。

$ du -h | head  ## processing folder !!
16K	./java/plugin/desktop
20K	./java/plugin
388K	./java/man/ja_JP.UTF-8/man1
392K	./java/man/ja_JP.UTF-8
312K	./java/man/man1
708K	./java/man
...

2$ du -sh  ## オプション「-s（サイズのみ）」と「-h（単位表示）」指定
261M	.

不要なファイルを消さないと容量確保できない場合

容量が足りなくなってきて、不要なファイルを消さないといけない場合があるかもしれません。スムーズに作業を進めるためには、容量を多く使用しているフォルダを探すか、条件を指定して大きなファイルを探すかして、不要であれば削除するというやり方が良いと思います。

ディスク使用量のサイズが大きいフォルダ順に表示

ディスクの使用量を調べるduコマンドを使って、カレントディレクトリで大きいフォルダを調べます。ちょっと見にくいですが、「-h」をつけると単位がそれぞれでバラバラになるので、この場合はつけない方が良いと思います。階層を制限したい場合は、「–max-depth」で更に条件を絞ることができます。

$ du | sort -nr | head
266792	.
193364	./java
192064	./java/lib
84384	./java/lib/i386
59596	./modes
59592	./modes/java
25608	./java/lib/ext

ディスク使用量のサイズが大きいファイルを探す

条件を指定して大きなファイルを探す場合は、findコマンドが便利です。色々な条件を指定できますが、今回はサイズに注目します。例えば、duで大きなサイズのフォルダが見つかったら、その中でサイズ条件に該当するファイルを探すというような使い方も良いかもしれませんね。不要であれば削除、そうでなければ他を探すということになります。

$ find java/ -size +10M | xargs ls -lh | sort
-rwxr-xr-x 1 aaa aaa 13M  1月 30 12:08 java/lib/i386/server/libjvm.so
-rwxr-xr-x 1 aaa aaa 18M 12月 23  2015 java/lib/ext/jfxrt.jar
-rwxr-xr-x 1 aaa aaa 53M 12月 23  2015 java/lib/i386/libjfxwebkit.so
-rwxr-xr-x 1 aaa aaa 63M  1月 30 12:08 java/lib/rt.jar