bioinfo-dojo

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Python

Python3 〜 オブジェクト指向のイミュータブル(不変)なクラス

はじめにバイオインフォマティクスでは、DNA配列やタンパク質構造のデータを扱うことが多く、データの整合性を保ちながら処理を進めることが求められます。そのため、Pythonのオブジェクト指向プログラミング(OOP)の考え方を理解し、適切に活用...
linuxに関すること

Linuxの基本コマンド ファイルの先頭を表示「head」 コマンドの使い方

バイオインフォマティクスでは、大量のデータを扱うことが日常的です。特に、NGS(次世代シーケンス)の解析や遺伝子発現データの処理では、大規模なテキストファイル(FASTA、FASTQ、CSV、TSVなど)を効率的に確認・操作することが求めら...
R言語

Rのtidyverse:行の重複削除「distinct」の使い方

バイオインフォマティクスの分野では、大量のデータを処理・解析するためにRのtidyverseパッケージ群が頻繁に活用されます。特に、データの整理やフィルタリングに便利なdplyrパッケージは、遺伝子発現データやゲノムデータの解析において強力...
Python

Python3~データクラスのfield関数を使ったカスタマイズについて

バイオインフォマティクスの分野では、大量のデータを扱うことが日常的です。Python3はその柔軟性と豊富なライブラリ群のおかげで、データ処理の強力なツールとなっています。その中でも、オブジェクト指向プログラミング(OOP) の考え方を活かす...
linuxに関すること

Linux基本コマンド:テキスト整形「fold」 の使い方

バイオインフォマティクスでは、大量のテキストデータ(DNA配列、タンパク質データ、ゲノムアノテーションなど)を扱うことが多く、Linuxの基本コマンドを使いこなすことが非常に重要です。今回は、GNU coreutils に含まれる fold...
R言語

Rのtidyverse~行の条件抽出「filter」の使い方

dplyr の filter() の基本と応用バイオインフォマティクスでは、大規模なデータセットを効率よく処理するために R の tidyverse が非常に有用です。特に、dplyr はデータの操作を直感的に記述できる強力なパッケージであ...
Python

Python3 ~ データクラスとは?

バイオインフォマティクスの分野では、膨大なデータを効率的に処理することが求められます。そのため、Python3のオブジェクト指向プログラミング(OOP)を活用することで、データの管理をより簡潔かつ効率的に行うことができます。本記事では、OO...
linuxに関すること

Linuxコマンド:表示をみやすく「pr」 コマンドの使い方

バイオインフォマティクスでは、大量のデータを効率よく処理するためにLinuxの基本コマンドを活用することが不可欠です。特に、GNU coreutilsのコマンド群は、データの前処理やフォーマット調整に役立ちます。本記事では、テキストの整形と...
R言語

R tidyverse:グループ解除「ungroup」の使い方

バイオインフォマティクスでは、膨大なデータを整理・解析するために R の tidyverse が強力なツールになります。特に dplyr パッケージは、データの前処理を効率的に行うために必須のライブラリです。今回は、データグルーピングの解除...
Python

Python3 〜 オブジェクト指向:特殊メソッド __call__ の使い方

バイオインフォマティクスでは、大量のデータ処理や解析を行うために、Python3のオブジェクト指向プログラミング(OOP)の知識が役立ちます。特に、特殊メソッド(Magic Methods) を活用することで、より直感的で効率的なコードを書...
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