![バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo]](https://bioinfo-dojo.net/wp-content/uploads/2016/03/some_object_luca-bravo-alS7ewQ41M8-unsplash.jpg)
シェルスクリプト scp コマンド | fastq や bam ファイルをサーバーへコピーする
bioinfomatics では、サーバーを使うことがほとんどなので、パソコンとサーバー間のファイルのやりとりはネットワーク経由で行います。リモートマシンとの間でファイルをコピーするコマンド scp の使い方を覚えておきましょう。scp コ...
シェルスクリプト 
シェルスクリプト xargs 引数を上手に使う | find と xargs でファイルのリネームやコピーをひと工夫
bioinformaticsでは、たくさんのファイルを使うことが多いので、ファイル処理は効率的に行いたいですね。このようなときfind コマンドや xargs コマンドが役に立ちます。例えば、fastqファイルの拡張子を、fq.gz から ...
その他 【やばい！】リモートワークで耳がかゆい｜イヤホンしっぱなしによる「耳のトラブル」のありえない話
最近は、リモート・ワークではイヤホン使うことが多く、なんとなく常に耳の調子が悪くなりました（かゆい、痛い）。私だけでなく、若い人に「耳トラブル」が急増しているとのこと。そこで１８０度考え方を変えて、ある方法に変更したところ、簡単に問題解決し...
linuxに関すること Linuxで仕事 | Dconf-editorでワークスペースのアプリ切り替えを制限することで作業効率UP！
作業効率のアップのために、ubuntuにインストールしておきたいツールdconf-editorを紹介！アプリの切り替えをワークスペース別に管理できて、作業に集中しやすくなります。アプリの切り替えをワークスペースに限定したいDconf-Edi...
linuxに関すること emacs | nautilus（ubuntu版エクスプローラー）を立ち上げる
ubuntuでemacsを使っている場合、ファイル操作に必要なことはほとんどできてしまいます。しかし、nautilus（ubuntu版エクスプローラー）をカレントディレクトリで直接起動できる設定を施しておくと、もっと便利に使いこなせるように...
シェルスクリプト bash | プロンプト変更 複数サーバーにログインしたときの混乱よ「サヨナラ」
bashのプロンプト変更は、複数のサーバーを利用している場合にログイン（どのサーバーにいるか）の区別がしやすくなる等の利点があります。bashのプロンプトをわかりやすく変更したいプロンプトのデフォルト表記は、以下のような構成です。ユーザー名...
シェルスクリプト パス名からファイル名を取得する方法
パス名からファイル名を抽出する場合は、basenameコマンドを使うと簡単です。$ find . -name "test.txt" /aaa/bbb/ccc/test.txt $ find . -name "test.txt" | xarg...
linuxに関すること vi 最低限のコマンド
viを使うときに、最低限覚えておきたいコマンドリストです。ファイルファイルを開くvi ファイル名ファイルを開く（リードオンリー：警告あり）view ファイル名保存して閉じるZZ保存せずに閉じる:q変更破棄:q!移動左、下、上、右h j k ...
Excel python 使い方 | エクセルのセルの内容取得 – openpyxl ライブラリ
仕事では、エクセルがよく使われるので、スクリプト言語で処理できると楽に仕事をこなせるようになります。最も単純な例として、python3 openpyxl ライブラリ を使って、エクセルのセルの内容を取得します。エクセル python3でセル...
R言語 R 使い方 | volcano plot 描き方（ボルケーノプロット）
volcano plotは、発現解析の結果を表現でよく使われるグラフです。横軸に発現比(logFC)、縦軸にpvalue(-log10した値)をとります。Rを使って、volcano plot （ボルケーノ プロット）を作成します。とにかく早...