GFF

gffread

gffread を使った transcripts fasta 転写物の配列取得

ゲノム配列から転写物の配列を取得 転写物(transcript)の配列を取得したい場合、染色体上の位置(開始位置〜終了位置)をたよりに配列情報を抜き出します。位置情報を管理する方法としてよく使われるのがGFF3やGTF形式のファイル...
awk

IGV 使い方 遺伝子位置や好きな位置への移動

IGVはリードのマッピング状況を視覚的に確認できるツールです。ゲノムデータ(fastaファイル)とアライメントデータ(bamファイル、及びbaiファイル)を準備すれば簡単に表示できますが、更に遺伝子の位置情報を読み込むともっと使いやすくな...
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