SED 便利な使い方 ファイル読み込み・ファイル書き出し

バイオインフォ道場、くまぞうです。

sedのファイル読込みコマンド(r)・ファイル書き込みのコマンド(w)が便利です。指定の位置に外部ファイルからデータを読み込んだり、パターンにマッチした部分を一括で複数のファイルに分割するなどの便利な処理を行うことができます。知っていれば、レポートの自動生成やドキュメント作成など色々な場面で役に立つと思います。

sed ファイル読込み

指定したパターンに一致する次の行以降に、指定したファイルの内容を読込みます。コマンドrを使います。パターンを指定する方法、アドレスを指定する方法などがあります。

以下の例で、file1.txtの「header」の次の行に、load.txtの内容を読み込みます。

ファイルの準備

file1.txt

header
body
footer

load.txt

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bioinfo-dojo
------------

ファイル読み込み位置 パターンを指定する

パターン(header)に一致する行の次に、load.txtの内容を読み込みます。

$ sed '/header/r load.txt' file1.txt
header
------------
bioinfo-dojo
------------
body
footer

このままでは、検索したパターンである「header」行が残るので少し工夫します。seddコマンドを一緒に使って削除します。eコマンドをつけると連続で処理できます。

$ sed -e '/header/r load.txt' file1.txt -e '/header/d'
------------
bioinfo-dojo
------------
body
footer

ファイル読み込み位置 行を指定する

行を指定して、load.txtの内容を読み込みます。数字や$(最後の意味)などを使います。

1行目を指定

$ sed '1r load.txt' file1.txt
header
------------
bioinfo-dojo
------------
body
footer

最後の行を指定

$ sed '$r load.txt' file1.txt
header
body
footer
------------
bioinfo-dojo
------------

複数のファイルを一度に処理する

複数のファイルに、load.txtの内容を読み込みます。

$ ls file?.txt
file1.txt
file2.txt

同じ形式のファイルが複数存在するとき、いっぺんに処理できる方法を知っていると便利です。

$ find -name "file?.txt" | xargs -L 1 sed -e '1r load.txt' -e '1d' 
------------
bioinfo-dojo
------------
body
footer
------------
bioinfo-dojo
------------
body2
footer2

sed ファイル書き込み

指定したパターンに一致する内容を、指定したファイルに書き出します。コマンドwを使います。

以下の例では、色んな拡張子のファイルリスト(lsの結果)を、それぞれファイルに分けます。

色々な拡張子のファイルリスト(準備)

$ ls
aaa.txt
bbb.png
ccc.py
ddd.rb
eee.sh
fff.cpp  
ggg.pl
hhh.txt

sed ファイル書き込み コマンドライン

lsの結果を、sedでフィルタリングします。「txt」の拡張子を持つファイル名を、wコマンドでtext_listというファイルに書き出します。catをパイプして処理することもできます。

$ ls | sed '/txt$/w text_list'
$ cat text_list
aaa.txt
hhh.txt

sed ファイル書き込み スクリプトファイル

lsの結果を、sedスクリプトファイルでフィルタリングします。それぞれのパターンと書き出すファイル名を、wコマンドで指定します。様々な条件を一括で処理できます。

classify.sed

/py$/w python_list
/rb$/w ruby_list
/pl$/w perl_list
/cpp$/w c_list
/sh$/w sh_list
/txt$/w text_list
/png$/w png_list

スクリプトファイル(classify.sed)を指定して実行

$ ls | sed -f classify.sed

生成されたファイル(*_list)とその内容

sedで指定したスクリプトファイルの内容に従って、拡張子毎にファイルに分割されました。

$ *list
c_list  perl_list  png_list  python_list  ruby_list  sh_list  text_list
$ cat perl_list
ggg.pl
$ cat python_list
ccc.py