R v3.2.3 – インストール

バイオインフォ道場、くまぞうです。

今回はR v2.2.6のインストールに挑戦です。Rは、バージョンを指定してインストールしたい場合があるので、ソースコンパイル（make）でインストールしてみます。

インストール

必要となるパッケージが多いので、予めインストールしておきます。

# sudo apt-get update

# sudo apt-get install build-essential

# sudo apt-get install gfortran

# sudo apt-get install libreadline-dev

# sudo apt-get install xorg-dev

# sudo apt-get install default-jdk

# sudo apt-get install default-jre

# sudo apt-get install texlive-full

パッケージ内のINSTALL（パッケージを解凍したフォルダ直下にあります）に従い、インストールします。

# cd /usr/local

# wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.2.3.tar.gz

# tar xvzf R-3.2.3.tar.gz

# cd R-3.2.3

# ./configure

# make

# make check

# make install

インストール確認

Rを呼び出して、R 3.2.3が起動すればインストール完了です。

$ R

エラーが発生する場合

• Header/Libが無いというエラー
  必要なライブラリがインストールされていないので、上記の「準備」を確認しましょう。または、適時必要なライブラリをインストールして下さい。もし、必要なライブラリをインストールしたにも関わらず、同じエラーが発生する場合は、./configureから再度やり直します。./configureでライブラリの有無を確認しており、反映されていない場合があります。
• インストール時に、エラーが発生していたが無視した。
  特に「.」が見落とされがちです。linuxでは「.」にも意味があるので注意しましょう。エラーが発生したところから、やり直して下さい。

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