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AWS

SSH接続 警告「WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED」の対応

bioinformatics では、サーバーに接続することが多いので、サーバーへの接続エラーの対応なども必要になります。 「REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED」という警告が出たら、既存の「k...
シェルスクリプト

xargs 並列処理(-P オプション)と時間計測

bioinfomatics では、計算対象となるファイルがたくさんで・サイズが大きいので、並列化は重要なテーマです。 find と xargs は組み合わせて使うことが多いので、並列化をパターンで覚えると良いですね! ...
シェルスクリプト

gzip 圧縮したテキストファイル 結合と分割

bioinfomatics の解析では、サイズの大きなファイルを扱います。 fastqファイルは圧縮(fastq.gz)して使うことが多いので、圧縮したままで使える「ファイルの結合」や「ファイルの分割」のしかたを覚えておくと便利です...
linuxに関すること

ubuntu バージョン確認方法【 GUI・コマンド・図柄】

Linuxで一番人気のディストリビューションといえば、Ubuntuです。 bioinformaticsの計算でもubuntuのサーバーを使うことがあるかもしれません。そんなとき、必要なソフトウェアをインストールのにバージョンを確認す...
シェルスクリプト

scp コマンド | fastq や bam ファイルをサーバーへコピーする

bioinfomatics では、サーバーを使うことがほとんどなので、パソコンとサーバー間のファイルのやりとりはネットワーク経由で行います。リモートマシンとの間でファイルをコピーするコマンド scp の使い方を覚えておきましょう。 ...
シェルスクリプト

xargs 引数を上手に使う | find と xargs でファイルのリネームやコピーをひと工夫

bioinformaticsでは、たくさんのファイルを使うことが多いので、ファイル処理は効率的に行いたいですね。このようなときfind コマンドや xargs コマンドが役に立ちます。 例えば、fastqファイルの拡張子を、fq.g...
linuxに関すること

Linuxで仕事 | Dconf-editorでワークスペースのアプリ切り替えを制限することで作業効率UP!

作業効率のアップのために、ubuntuにインストールしておきたいツールdconf-editorを紹介!アプリの切り替えをワークスペース別に管理できて、作業に集中しやすくなります。 アプリの切り替えをワークスペースに限定したい ...
linuxに関すること

emacs | nautilus(ubuntu版エクスプローラー)を立ち上げる

ubuntuでemacsを使っている場合、ファイル操作に必要なことはほとんどできてしまいます。しかし、nautilus(ubuntu版エクスプローラー)をカレントディレクトリで直接起動できる設定を施しておくと、もっと便利に使いこなせるよう...
シェルスクリプト

パス名からファイル名を取得する方法

パス名からファイル名を抽出する場合は、basenameコマンドを使うと簡単です。 $ find . -name "test.txt" /aaa/bbb/ccc/test.txt $ find . -name "test.txt...
Excel

python 使い方 | エクセルのセルの内容取得 – openpyxl ライブラリ

仕事では、エクセルがよく使われるので、スクリプト言語で処理できると楽に仕事をこなせるようになります。 最も単純な例として、python3 openpyxl ライブラリ を使って、エクセルのセルの内容を取得します。 エクセル p...
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