![バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo]](https://bioinfo-dojo.net/wp-content/uploads/2016/03/some_object_luca-bravo-alS7ewQ41M8-unsplash.jpg)
C言語 C言語 ファイル処理 メモリ動的確保 ファイルを一気に読み込む
バイオインフォ道場、くまぞうです。バイオインフォマティクスの解析作業では、大きなファイルを扱うことが多いです。スクリプト言語はとても扱いやすいですが、一般的に実行速度を犠牲にします。こんなときはＣ言語などのプログラム言語を使うと高速な処理を...
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C言語 blast blast 使い方 makeblastdb
blastを実行するには、事前にデータベースを構築する必要があります。データベースの対象となるfastaファイルを準備し、makeblastdbコマンドを実行してデータベースを作ります。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解...
sed sed コマンド 置換・削除・アドレッシングまとめ
sedはとても便利なツールです。よく使うコマンドやアドレシング・否定の指定方法など、ちょっとしたテクニックも知っておくと便利です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談よく使うsedコマンド置換や削除はよく使います。そ...
sed sed コマンド スクリプトファイルの実行 スクリプトの書き方
sedはテキスト編集ツールとして有名なツールの１つです。フィルタリングや置換処理を行うときに使います。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談sedの書き方コマンドライン中で簡単なフィルタリングを行ったり、コマンドをまと...
Ruby Ruby 正規表現 スクリプトの書き方
バイオインフォ道場、くまぞうです。正規表現とは正規表現は、文字列をパターンで表現する方法です。テキストエディタの検索に用いられたり、プログラムでテキストを用いた条件判断に使われたりします。ほとんどのプログラム言語で正規表現を使うことが出来る...
Ruby Ruby ファイル・ディレクトリ操作 スクリプトの書き方
バイオインフォ道場、くまぞうです。スクリプトを書く時、１つのファイルについて処理が完成したら他のファイルでも使えるように機能を拡張したくなります。また、ファイルの有無やその属性情報によって処理を変更することは良くあります。情報の再利用やデフ...
Ruby Ruby class クラスとオブジェクト スクリプトの書き方
バイオインフォ道場、くまぞうです。純粋なオブジェクト指向プログラミング言語といわれるRubyで、クラスを使ったオブジェクト指向のプログラミングに挑戦してみましょう。他のプログラム言語を習得したり・活用するときにもきっと役に立つと思います。ス...
Ruby Ruby 文字列処理 正規表現,部分文字列,置換,連結 スクリプトの書き方
バイオインフォ道場、くまぞうです。文字列処理は、スクリプトを書く時に活用する機会の多い処理です。整形や文字列の連結処理・正規表現を使った部分文字列の処理などが使えるようになると、処理を簡潔に書くことができるようになるかもしれません。代表的な...
Ruby Ruby 演算子と代入 スクリプトの書き方
バイオインフォ道場、くまぞうです。Rubyが実行する式は、色々な演算を演算子で結合して作られています。よく使う演算子や注意点をチェックしましょう。スポンサーリンク(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []...
Ruby Ruby 変数とスコープ スクリプトの書き方
バイオインフォ道場、くまぞうです。データに名前をつけることで、変数としてプログラム中でデータを自由に扱うことができるようになります。変数には、いくつか種類があります。スコープと呼ばれる影響範囲や、クラスを用いた場合の違いがあります。スポンサ...