R言語

AnnotationHub インストール

bioinformatics では「R」をよくつかいますが、パッケージのインストールなのでトラブルことがあります。アノテーション作業で使う機会があるかもしれない、AnnotationHub インストールについて。RとBioconductor...

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bioinfomatics では、ratio や logFC を変動の閾値としてよく使います。ratio 2倍・4倍なら、対数表現も１・２と簡単にわかりますが、1.5倍などを閾値とした場合は、対数で何になるか覚えておくのは大変です。これらは...

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tidyverseで１つの列（文字列型）を分割して別の列に分けるには、tidyrパッケージのseparate関数を使います。separate関数は、「指定した列」を「指定した区切り文字」で分割します。Rの標準的な操作strsplit関数を使...

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tidyverseでデータフレームをグループ別に処理する場合、dplyrパッケージのgroup_by関数を使います。group_by関数以降の処理では、グループ毎に計算が行われます。Rの標準的な操作なら、apply系関数を使って同じような処...

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tidyverseでデータフレームの重複行の削除を行う場合、dplyrパッケージのdistinct関数を使います。重複をチェックする列名を指定し、重複が見つかった行は最初に見つかったデータを残して、それ以外は削除されます。Rの標準的な操作な...

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tidyverseでデータフレームに列を追加する場合は、dplyrパッケージのmutate関数を使います。新しい列を追加したり、既にある列に上書きすることができます。また、transmutateという関数を使った場合は、列を追加しつつ、se...

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tidyverseで１つのデータフレームに対する行のソートは、dplyrパッケージのarrange関数を使います。arrange関数は、データフレームの行をソートする関数です。エクセルの行の並べ替えのように、優先度の高いものから複数の条件を...

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tidyverseで２つのデータフレームの結合は、dplyrパッケージのjoin系関数を使います。キーが共通する部分を結合するinner_join関数がよく使われます。２つのデータフレームの結合条件によって、その他のjoin系関数を使い分け...

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dplyrパッケージのfilter関数をつかえば、データフレームの行の絞り込みができます。指定した条件を満たす行を絞り込みます。複数の条件を指定した場合、全ての条件を満たす行に絞りこまれます。条件式では、論理演算＆（AND）や、｜（OR）を...

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tidyverseで１つのデータフレームの列の絞り込みは、dplyrパッケージのselect関数を使います。selectは条件を満たす列を絞り込む関数です。様々な指定方法で絞り込みができます。列名と文字列条件のマッチや正規表現を利用した絞り...

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