FastQC

FastQC – インストール

FastQCは、NGSのリードの品質をチェックするツールです。解析の直前で使用し、リードの品質に問題がなければ解析に進みます。もし、品質に問題があるようであれば、低品質の情報をトリミングツールで除去したり、対象となるデータを解析から外すな...
linuxに関すること

Java JRE(Java Runtime Environment) – インストール

Java Runtimeのインストールについてです。 Javaで書かれた解析ツール(FastQCなど)を使用する場合は、インストールが必要です。尚、FastQC v0.11.4では1.6以上が必要。
Ruby

Ruby 1.9 インストール スクリプトの書き方

こんにちは、biくまぞうです。 今回はRubyのインストールに挑戦です。 スポンサーリンク (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); R...
samtools

samtools 使い方 インストール

SAM tools のインストールについて、バージョン毎にまとめました。 手順は同じ。指定バージョンを探すのが面倒なので、それぞれ整理しました。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 インストール...
bowtie

bowtie2 v2.2.6 使い方 インストール

今回はbowtie2 v2.2.6のインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 インストール マニュアルに従い、プリコンパイル版をインストールします。 ...
tophat2

tophat2 v2.1.0 – インストール

今回は、Tophat2 v2.1.0 のインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 準備 Tophat2が内部で利用する解析ツールを事前にインストールしま...
linuxに関すること

linux コマンド wc ファイルの単語数と行数を数える

バイオインフォ道場、biくまぞうです。 ファイルの単語数や行数を表示します。 スポンサーリンク (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); ...
linuxに関すること

linux コマンド rm ファイル削除

バイオインフォ道場、くまぞうです。 ファイルやディレクトリの削除を行います。 スポンサーリンク (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); 構...
linuxに関すること

linux コマンド mv ファイル移動・名前変更

バイオインフォ道場、くまぞうです。 ファイルの別ディレクトリへの移動、または、ファイル名の変更を行います。 スポンサーリンク (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).p...
linuxに関すること

linux コマンド mkdir ディレクトリ作成

ディレクトリを作成します。 構文 mkdir ... DIRECTORY... 主なオプション -p, --parents 指定したディレクトリをサブディレクトリも含めて作成 DIRECTORY 作成するディレクト...
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