![バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo]](https://bioinfo-dojo.net/wp-content/uploads/2016/03/some_object_luca-bravo-alS7ewQ41M8-unsplash.jpg)
linuxに関すること Midnight Commander (mc) 使い方 基本コマンド１０選+
Midnight CommanderはCUIベースのファイルマネージャーです。マウス操作なしで、ファイル操作を快適に行うことができます。表示が２カラムに分かれていて、コピーなどフォルダをまたぐ操作の場合に、コピー先のフォルダの内容も同時に見...
linuxに関すること 
R言語 ratio 1.5倍は、logFCで何？
bioinfomatics では、ratio や logFC を変動の閾値としてよく使います。ratio 2倍・4倍なら、対数表現も１・２と簡単にわかりますが、1.5倍などを閾値とした場合は、対数で何になるか覚えておくのは大変です。これらは...
メインコンテンツ マッピング率が低いときの対応方法 – Trimmomatic 除去アダプターの登録方法
マッピング率が極端に低い場合は、使用しているシーケンサ特有のアダプター配列がリードに残っていないか確認するとうまくいくケースがあります。特に、ライブラリーサイズが小さくなった場合は、シーケンサ内部のソフトで特有の配列が除去しきれずに残るケー...
R言語 r tidyverse 使い方 | 列分割 separate関数 – tidyrパッケージ
tidyverseで１つの列（文字列型）を分割して別の列に分けるには、tidyrパッケージのseparate関数を使います。separate関数は、「指定した列」を「指定した区切り文字」で分割します。Rの標準的な操作strsplit関数を使...
R言語 r tidyverse 使い方 | 行 グループ毎の処理 group_by関数 – dplyrパッケージ
tidyverseでデータフレームをグループ別に処理する場合、dplyrパッケージのgroup_by関数を使います。group_by関数以降の処理では、グループ毎に計算が行われます。Rの標準的な操作なら、apply系関数を使って同じような処...
R言語 r tidyverse 使い方 | データフレーム重複行を削除 distinct関数 – dplyrパッケージ
tidyverseでデータフレームの重複行の削除を行う場合、dplyrパッケージのdistinct関数を使います。重複をチェックする列名を指定し、重複が見つかった行は最初に見つかったデータを残して、それ以外は削除されます。Rの標準的な操作な...
R言語 r tidyverse 使い方 | 列の追加 mutate関数 – dplyrパッケージ
tidyverseでデータフレームに列を追加する場合は、dplyrパッケージのmutate関数を使います。新しい列を追加したり、既にある列に上書きすることができます。また、transmutateという関数を使った場合は、列を追加しつつ、se...
R言語 r tidyverse 使い方 | 行のソート arrange関数 – dplyrパッケージ
tidyverseで１つのデータフレームに対する行のソートは、dplyrパッケージのarrange関数を使います。arrange関数は、データフレームの行をソートする関数です。エクセルの行の並べ替えのように、優先度の高いものから複数の条件を...
R言語 r tidyverse 使い方 | ２つのデータフレーム結合 inner_join関数 – dplyrパッケージ
tidyverseで２つのデータフレームの結合は、dplyrパッケージのjoin系関数を使います。キーが共通する部分を結合するinner_join関数がよく使われます。２つのデータフレームの結合条件によって、その他のjoin系関数を使い分け...
R言語 dplyr filter関数で行の絞り込み | r tidyverse 使い方
dplyrパッケージのfilter関数をつかえば、データフレームの行の絞り込みができます。指定した条件を満たす行を絞り込みます。複数の条件を指定した場合、全ての条件を満たす行に絞りこまれます。条件式では、論理演算＆（AND）や、｜（OR）を...