Python while ずっと繰り返し スクリプトの書き方

バイオインフォ道場、くまぞうです。

while文を使うと、コードブロックを(特定の条件を満たす場合)ずっと実行することができます。

while文による繰り返し処理

while文の書き方

while文は、「あるコマンドの入力があるまで」・「ある状態なら」といったずっと繰り返す処理に用います。whileの後に「条件」を記述します。ブロックは、インデントを忘れないように注意します。尚、他のプログラミング言語にあるdo〜whileは使えません。

while文

  while count<10: # 条件 countが10未満の場合
	繰り返す処理

繰り返し処理について

whileの繰り返し処理では、「特定の条件を記述する場合」「特定の条件を記述しない(while True:)場合」があります。後者の場合は、繰り返し処理の内部にbreakするための条件を記述します。

サンプル

whileを使った、Pythonのスクリプト例です。fastaファイルを読み込んでヘッダーをリストに格納します。ヘッダー表示をwhileで「ずっと」繰り返しますが、3個表示したら繰り返し処理を抜けて終了します。

while_test.py

#! /usr/local/bin/python
# -*- coding: utf-8 -*-

file_name  = "my.fasta"
all_header = []

f = open(file_name, "r")
for line in f.readlines():
    if line[0] == '>':
        all_header.append(line[1:].strip())  # listにセット

f.close()

count = 0
while True:  # 特定の条件なし ずっと繰り返し
    print all_header[count]
    count += 1
    if count >= 3: # 3個表示したらbreak(ループ終了)
        break

my.fasta

  >cds1
  ATGGTGGGTGGCAAGAAGAAAACCAAGATATGTGACAAAGTGTCACATGA
  TTTGGCAATCGGTTCCTGGATTGGACTTAGACCCCTACGCATCCTCAAAT
  GAAATGTTGCCAACGCTTCTTGAGAGCTGCCCAAAACTTGAATCTCTCAT
  >cds2
  ATGGTTCAATATAATTTCAAGAGGATCACAGTTGTTCCCAATGGGAAGGA
  GCACGTCGTGGTGAAGCTGACAGAGTTATACCAACGCTTAGACCGAAACA
  AACCGACAGGCGTTGA
  >cds3
  ATGACTCGTTTGTTGCCTTACAAAGGTGGAGATTTTTTGGGACCGGATTT
  CCGAGGTATACCTCTACCTTATCTTTCTGAATTAACTGTGAGCTTCATAG
  GCAAAAATTAAGATTGGTGAATGCTCAAAACGTAAAAAGGATAAGCAAGT
  >cds4
  ATGGATTCAGAGTCAGAGTCAAAGCTCATATCATTCATTTCTCAATTAGT
  ATCATGCATGATACAAACAATCTCTCTGGTCAGCTCAATGGATTTGAAGT
  ATCTATTTCGGTAACTTCTTCTCATGTATGCAATGTGATTATATTCTCCA
  >cds5
  ATGTCGGTTCCTCCTAGATTCCGGTCCGTAAATTCCGATGAGCGAGAGTT
  GCTGCAGAGGAAACCACCGGGGATGAAACTGGAGAAGCCGATGATGGAGA
  GAGAGAGAGTGATAAATAA

実行と結果

  $ ls
  my.fasta
  while_test.py

  $ python while_test.py 
  cds1
  cds2
  cds3



カテゴリー

今週よく読まれている記事

  1. 学会・会議で英語が絶望的にできなくて困るケース | オンライン開催で「英語力のなさ」を痛感した場合の対処法

    学会・会議で英語ができなくてに困るケース学会やイベント・会議などが、オンラインで開催される…
  2. r tidyverse 使い方 | 列 filter 絞り込み select関数 – dplyrパッケージ

    tidyverseで1つのデータフレームの列の絞り込みは、dplyrパッケージのselect関数を…
  3. プログラミングで疲れた脳をリフレッシュ 〜 鬼滅の刃「感動」と「やる気アップ」でストレス発散!

    ストレス発散は鬼滅で。「50%OFF」で読む!脳のパフォーマンスを上げるには、適度な休憩と…
  4. AWS ディスク容量不足 新しいボリュームを追加する

    バイオインフォマティクスでは大きなファイルを扱うことがあるので、ディスク不足に陥ることがあります。…
  5. 「知っている」と「知らない」とでは、もしものとき、大違いになる – コロナうつ対策

    コロナうつなどという言葉を聞くようになりましたが、派遣切り、解雇、リストラは、これから本格化します…

人気記事

  1. IGV, 解析ツール

    IGV 使い方 インストール〜便利な使い方まで | リファレンス・マッピングデータ・アノテーションを読み込んで表示しよう
    IGV(Integrative Genomics View…
  2. R言語

    R subset関数 データフレームやmatrixからの条件指定による行・列の抽出
    R の subset関数は、データフレームやマトリックスか…
  3. Excel, 統計

    z-score 計算方法 エクセル(Excel) 編
    統計処理で、大きく変化しているなどの判断基準にも使われる値…

おすすめ記事

  1. awk, シェルスクリプト

    bash 部分文字列・置換・長さ・連結・分割の文字列処理
    bashのよく使う文字列処理、部分文字列・置換・連結・長さ…
  2. R言語, グラフ

    R 使い方 軸・ラベルの調整(向き・サイズ・色など) グラフの描き方
    Rによるplot(グラフ)の描画は、手軽で大変便利です。た…
  3. シェルスクリプト

    シェルスクリプト | ファイル存在チェック・空ファイルチェック
    bashでスクリプトを作成するときに、よく使うのがファイル…