FastQC 結果ファイルの取り出し 画像を1箇所に集める シェルスクリプト

バイオインフォ道場、くまぞうです。

NGSツールで解析を行う際に、「まずはFastQC」という方も多いと思います。データがたくさんあっても、一括で処理してくれるので便利です。結果はフォルダ毎に生成され、全て同じフォルダ構造・同じファイル名で保存されます。個々のデータを1箇所に別名保存したいと思ったので、結果ファイルの取り出しについて簡単なシェルスクリプトを作りました。

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FastQC 結果を取り出す シェルスクリプト

FastQCの結果フォルダから「per_base_quality」画像を集めてくるシェルスクリプトです。用途がかなり限定的ですが、FastQCを実行したときは毎回使えるので、役に立つかもしれません。最低限の機能しかありませんが、目的に応じて改造したり機能拡張したりすると、シェルスクリプト作成の練習にもなって良いと思います。

fastqc_get_all_qimages.sh

  1. for:per_base_quality.pngを探す。ファイル分繰り返す。
  2. cp:コピーコマンド実行。bashの文字列置換(‘/Images/’を’_’に置換)。
#! /bin/bash

for x in `ls *qc/Images/per_base_quality.png`
do
    cp ${x} ${x/\/Images\//_} 
done

使い方

FastQCの結果フォルダが並んだディレクトリに、シェルスクリプトを保存します。実行権限がなければ、chmod +xで付与します。スクリプトを実行します。フォルダ直下に、各FastQCの結果フォルダから集められた画像(per_base_quality.png)が保存されます。

$ ll 
sample1_fastqc/
sample2_fastqc/
sample3_fastqc/
sample4_fastqc/
fastqc_get_all_qimages.sh

$ chmod +x fastqc_get_all_qimages.sh

$ ./fastqc_get_all_qimages.sh

$ ll 
sample1_fastqc/
sample2_fastqc/
sample3_fastqc/
sample4_fastqc/
sample1_fastqc_per_base_quality.png
sample2_fastqc_per_base_quality.png
sample3_fastqc_per_base_quality.png
sample4_fastqc_per_base_quality.png
fastqc_get_all_qimages.sh

FastQC 結果を取り出す シェルスクリプト 1行で書く

シェルスクリプトと同じことを1行で書いてみました。findsedawkxargsを使いました。記述が意外とダラダラなってしまったので、1行にこだわらなくても良かったかもしれません。

  1. find:per_base_quality.pngを探す。
  2. sed:フォルダ名を識別子とする。
  3. awk:ファイル名を再構築(コピー元・コピー先)空白を入れるのがポイント。
  4. xargs:cpコマンドを実行。awkの結果が、コピー元・コピー先の引数。
$ find . -name "*per_base_quality*" | sed -e 's/\/Images.*//' |\
awk '{print $1 "/Images/per_base_quality.png " $1 "_per_base_quality.png"}' |\
xargs -n 2 cp
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