シェルスクリプト

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xargs 並列処理(-P オプション)と時間計測

bioinfomatics では、計算対象となるファイルがたくさんで・サイズが大きいので、並列化は重要なテーマです。 find と xargs は組み合わせて使うことが多いので、並列化をパターンで覚えると良いですね! ...
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gzip 圧縮したテキストファイル 結合と分割

bioinfomatics の解析では、サイズの大きなファイルを扱います。 fastqファイルは圧縮(fastq.gz)して使うことが多いので、圧縮したままで使える「ファイルの結合」や「ファイルの分割」のしかたを覚えておくと便利です...
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scp コマンド | fastq や bam ファイルをサーバーへコピーする

bioinfomatics では、サーバーを使うことがほとんどなので、パソコンとサーバー間のファイルのやりとりはネットワーク経由で行います。リモートマシンとの間でファイルをコピーするコマンド scp の使い方を覚えておきましょう。 ...
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xargs 引数を上手に使う | find と xargs でファイルのリネームやコピーをひと工夫

bioinformaticsでは、たくさんのファイルを使うことが多いので、ファイル処理は効率的に行いたいですね。このようなときfind コマンドや xargs コマンドが役に立ちます。 例えば、fastqファイルの拡張子を、fq.g...
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bash | プロンプト変更 複数サーバーにログインしたときの混乱よ「サヨナラ」

bashのプロンプト変更は、複数のサーバーを利用している場合にログイン(どのサーバーにいるか)の区別がしやすくなる等の利点があります。 bashのプロンプトをわかりやすく変更したい プロンプトのデフォルト表記は、以下のような構...
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パス名からファイル名を取得する方法

パス名からファイル名を抽出する場合は、basenameコマンドを使うと簡単です。 $ find . -name "test.txt" /aaa/bbb/ccc/test.txt $ find . -name "test.txt...
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bash 算術計算 書き方

シェルスクリプトを書いているとき、計算式が使えると便利なことがあります。 ファイルの残りの行数を表示したいな行毎に項目を足して合計を表示したいな入力したデータを計算して処理に使いたいな いろいろな状況があると思いますが、bas...
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ImageMagick 使い方 一括画像処理のスクリプト

画像処理を簡単に行う方法です。Linuxで作業を行う場合、ImageMagickを使うことが多いです。ImageMagickには、コマンドラインツールが豊富なので、バッチ処理などを使ってGUIを使わずとも画像処理ができるのが魅力です。面倒...
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ファイル名を一括変更 Windowsエクスプローラーとシェルスクリプト

バイオインフォマティクスでは、データファイルが大量になることがあります。いつも頭を悩ませるのがデータの管理です。たまにファイル名を一括で変更したいときがありますが、便利な方法があるので紹介したいと思います。 Windows エクスプ...
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bash 配列の使い方|サンプルでわかる最低限の知識

bash 配列の使い方について、初期化・参照・削除のやり方〜配列を使った繰り返し処理まで、最低限の知識を短いサンプルで理解できます!bash の配列を理解すると、シェルスクリプトの応用の幅が広がります。 bash 配列の使い方 ...
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