シェルスクリプト

bioinfomatics では、計算対象となるファイルがたくさんで・サイズが大きいので、並列化は重要なテーマです。find と xargs は組み合わせて使うことが多いので、並列化をパターンで覚えると良いですね！新しいLinuxの教科書x...

bioinfomatics の解析では、サイズの大きなファイルを扱います。fastqファイルは圧縮（fastq.gz）して使うことが多いので、圧縮したままで使える「ファイルの結合」や「ファイルの分割」のしかたを覚えておくと便利です。Linu...

bioinfomatics では、サーバーを使うことがほとんどなので、パソコンとサーバー間のファイルのやりとりはネットワーク経由で行います。リモートマシンとの間でファイルをコピーするコマンド scp の使い方を覚えておきましょう。scp コ...

bioinformaticsでは、たくさんのファイルを使うことが多いので、ファイル処理は効率的に行いたいですね。このようなときfind コマンドや xargs コマンドが役に立ちます。例えば、fastqファイルの拡張子を、fq.gz から ...

パス名からファイル名を抽出する場合は、basenameコマンドを使うと簡単です。$ find . -name "test.txt" /aaa/bbb/ccc/test.txt $ find . -name "test.txt" | xarg...

bash 配列の使い方について、初期化・参照・削除のやり方〜配列を使った繰り返し処理まで、最低限の知識を短いサンプルで理解できます！bash の配列を理解すると、シェルスクリプトの応用の幅が広がります。bash 配列の使い方bash 配列の...