![バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo]](https://bioinfo-dojo.net/wp-content/uploads/2016/03/some_object_luca-bravo-alS7ewQ41M8-unsplash.jpg)
シェルスクリプト シェルスクリプト bash 最新版の利用
シェルスクリプト bash 最新バージョンシェルスクリプト bash バージョン確認bashのバージョン確認を行います。現在、最新版はバージョン4.4（2017年1月）です。$ bash --versionbash --versionGNU...
シェルスクリプト
シェルスクリプト シェルスクリプト シェルスクリプト 変数 使い方
シェルスクリプト 変数シェルスクリプト 変数 名前のつけ方と定義シェルで変数を使うとき、最初に注意することです。名前には、アルファベット（大／小文字を区別）・数字・アンダースコアを使える。名前には、１文字目に数字は使えない。名前には、アルフ...
シェルスクリプト シェルスクリプト 引数の与え方とチェック方法
シェルスクリプトに引数を与える場合、引数が少ない場合はエラーにするなどの対策が必要です。一方、引数を１０個以上うけとる場合、受け取り側で引数をずらしながら１つずつ取得する必要があります。シェルスクリプトの引数をチェックする方法シェルスクリプ...
シェルスクリプト パイプ と xargs 前のコマンド結果を「利用して」次のコマンドを実行する
パイプ と xargs を組み合わせるパイプの使い方複数のコマンドをつなぎあわせて順番に実行することを「パイプでつなぐ」と言います。コマンド同士をパイプ（|）でつなぎます。$ lsaaa.txt bbb.txt ccc.txt$ cat a...
awk bash 部分文字列・置換・長さ・連結・分割の文字列処理
bashのよく使う文字列処理、部分文字列・置換・連結・長さ・分割について、サンプルを交えながらまとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談部分文字列文字列から部分文字列を取り出すときは、位置を指定した抽出方法か、...
awk FastQC 結果ファイルの取り出し 画像を１箇所に集める シェルスクリプト
バイオインフォ道場、くまぞうです。NGSツールで解析を行う際に、「まずはFastQC」という方も多いと思います。データがたくさんあっても、一括で処理してくれるので便利です。結果はフォルダ毎に生成され、全て同じフォルダ構造・同じファイル名で保...
シェルスクリプト シェルスクリプト | ファイル存在チェック・空ファイルチェック
bashでスクリプトを作成するときに、よく使うのがファイルの存在チェックです。if文と組合せると、ファイルの有無によって処理を分けることができます。エラー処理も記述できて使いやすいスクリプトになります。様々な処理で活用できるので、是非参考に...
FASTX-Toolkit シェルスクリプト FASTAファイルの分割 fastx_toolkit, sed, コマンドの活用例
バイオインフォマティクスでは、大きなファイルを扱う機会が多いです。小さなファイルに分割すれば、サーバーで分散処理して大幅な時間短縮を行うことが出来るかもしれません。いくつかのツールを組合せてFASTAファイルを小さく分割してみます。とにかく...
シェルスクリプト シェルスクリプト 関数 スクリプトの書き方
今回は、プログラムの基本構成となる「関数」を作ってみます。シェルで関数を作成すると、普段シェルを使って行っている作業を色々と自動化できて便利なことがあります。少しずつ、使えるようになると良いですね。関数を利用したプログラムメッセージを１つず...
シェルスクリプト シェルスクリプト select メニューを作る スクリプトの書き方
select文を使うと、簡単にメニューを作成することができます。但し、Bシェルでは使えず bash を使います。リストでメニュー項目を準備します。select内の変数で、選ばれた項目や入力値を取得することができます。メニュープロンプトは、P...