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理系のサバイバル

理系の転職 面白いことができないから転職したい

理系の転職 おすすめ情報理系の転職 面白いことができないから転職したい理系の転職で「面白いことができない」から転職したいを成功させる方法理系の転職で「面白いことができない」から転職したいを成功させる方法は、まず「できない理由」を考えます。研...
理系のサバイバル

理系転職のポテンシャルを高める

理系の転職 おすすめ情報理系転職のポテンシャルを高める理系転職では論理的思考能力を活かすという考え方理系転職では論理的思考能力を活かすという考え方は、もう古い時代となってしまったのかもしれません。他の業界への転職の際でも、理系であることの資...
理系のサバイバル

理系の転職では視野狭窄を避けるべき

理系の転職 おすすめ情報理系転職では視野狭窄を避けるべき理系転職で視野狭窄になりがちということ理系転職で視野狭窄になりがちということは、採用企業にも採用者にも言えることではないかと思う。理系職は、他職種と比べて理系科目や知識の習得が求められ...
その他

不要な本は買取サービスがお得!バイオインフォマティクスの本(専門書)or投資本が高くてオススメ

読まなくなった専門書が増えてきたので、本棚の整理を兼ねて、不要な本を買い取りサービスに出してきました。本の買い取りサービスは、専門書・投資本がオススメ結果、買い取り価格は5000円オーバー(26冊)。バイオインフォマティクスに関連する書籍も...
AWS

SSH接続 警告「WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED」の対応

bioinformatics では、サーバーに接続することが多いので、サーバーへの接続エラーの対応なども必要になります。「REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED」という警告が出たら、既存の「kown_h...
シェルスクリプト

xargs 並列処理(-P オプション)と時間計測

bioinfomatics では、計算対象となるファイルがたくさんで・サイズが大きいので、並列化は重要なテーマです。find と xargs は組み合わせて使うことが多いので、並列化をパターンで覚えると良いですね!新しいLinuxの教科書x...
シェルスクリプト

gzip 圧縮したテキストファイル 結合と分割

bioinfomatics の解析では、サイズの大きなファイルを扱います。fastqファイルは圧縮(fastq.gz)して使うことが多いので、圧縮したままで使える「ファイルの結合」や「ファイルの分割」のしかたを覚えておくと便利です。Linu...
linuxに関すること

ubuntu バージョン確認方法【 GUI・コマンド・図柄】

Linuxで一番人気のディストリビューションといえば、Ubuntuです。bioinformaticsの計算でもubuntuのサーバーを使うことがあるかもしれません。そんなとき、必要なソフトウェアをインストールのにバージョンを確認することもあ...
シェルスクリプト

scp コマンド | fastq や bam ファイルをサーバーへコピーする

bioinfomatics では、サーバーを使うことがほとんどなので、パソコンとサーバー間のファイルのやりとりはネットワーク経由で行います。リモートマシンとの間でファイルをコピーするコマンド scp の使い方を覚えておきましょう。scp コ...
シェルスクリプト

xargs 引数を上手に使う | find と xargs でファイルのリネームやコピーをひと工夫

bioinformaticsでは、たくさんのファイルを使うことが多いので、ファイル処理は効率的に行いたいですね。このようなときfind コマンドや xargs コマンドが役に立ちます。例えば、fastqファイルの拡張子を、fq.gz から ...
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