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ratio 1.5倍は、logFCで何?

bioinfomatics では、ratio や logFC を変動の閾値としてよく使います。 ratio 2倍・4倍なら、対数表現も1・2と簡単にわかりますが、1.5倍などを閾値とした場合は、対数で何になるか覚えておくのは大変です...
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マッピング率が低いときの対応方法 – Trimmomatic 除去アダプターの登録方法

マッピング率が極端に低い場合は、使用しているシーケンサ特有のアダプター配列がリードに残っていないか確認するとうまくいくケースがあります。 特に、ライブラリーサイズが小さくなった場合は、シーケンサ内部のソフトで特有の配列が除去しきれず...
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r tidyverse 使い方 | 列分割 separate関数 – tidyrパッケージ

tidyverseで1つの列(文字列型)を分割して別の列に分けるには、tidyrパッケージのseparate関数を使います。separate関数は、「指定した列」を「指定した区切り文字」で分割します。Rの標準的な操作strsplit関数を...
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r tidyverse 使い方 | 行 グループ毎の処理 group_by関数 – dplyrパッケージ

tidyverseでデータフレームをグループ別に処理する場合、dplyrパッケージのgroup_by関数を使います。group_by関数以降の処理では、グループ毎に計算が行われます。Rの標準的な操作なら、apply系関数を使って同じような...
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r tidyverse 使い方 | データフレーム重複行を削除 distinct関数 – dplyrパッケージ

tidyverseでデータフレームの重複行の削除を行う場合、dplyrパッケージのdistinct関数を使います。重複をチェックする列名を指定し、重複が見つかった行は最初に見つかったデータを残して、それ以外は削除されます。Rの標準的な操作...
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r tidyverse 使い方 | 列の追加 mutate関数 – dplyrパッケージ

tidyverseでデータフレームに列を追加する場合は、dplyrパッケージのmutate関数を使います。新しい列を追加したり、既にある列に上書きすることができます。また、transmutateという関数を使った場合は、列を追加しつつ、s...
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r tidyverse 使い方 | 行のソート arrange関数 – dplyrパッケージ

tidyverseで1つのデータフレームに対する行のソートは、dplyrパッケージのarrange関数を使います。arrange関数は、データフレームの行をソートする関数です。エクセルの行の並べ替えのように、優先度の高いものから複数の条件...
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r tidyverse 使い方 | 2つのデータフレーム結合 inner_join関数 – dplyrパッケージ

tidyverseで2つのデータフレームの結合は、dplyrパッケージのjoin系関数を使います。キーが共通する部分を結合するinner_join関数がよく使われます。2つのデータフレームの結合条件によって、その他のjoin系関数を使い分...
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dplyr filter関数で行の絞り込み | r tidyverse 使い方

dplyrパッケージのfilter関数をつかえば、データフレームの行の絞り込みができます。指定した条件を満たす行を絞り込みます。複数の条件を指定した場合、全ての条件を満たす行に絞りこまれます。 条件式では、論理演算&(AND)や、|...
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r tidyverse 使い方 | 列 filter 絞り込み select関数 – dplyrパッケージ

tidyverseで1つのデータフレームの列の絞り込みは、dplyrパッケージのselect関数を使います。selectは条件を満たす列を絞り込む関数です。様々な指定方法で絞り込みができます。列名と文字列条件のマッチや正規表現を利用した絞...
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