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blast 使い方 完全一致の連続領域を探索するには?

blastn で完全一致の連続領域を探索する方法 blastn オプション word_size blastnのパラメータ-word_sizeは、完全一致の初期長さを設定します。長さを指定すると、「完全一致が連続する場所」で「指...
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blast 使い方 エラーと解決 tblastx

バイオインフォマティクスの解析では、様々なツールを使います。たまにはエラーに遭遇してしまい、解決するのに時間がかかったりします。BLASTは、大変使用頻度の高いツールの1つですが、見慣れないエラーに遭遇したので、エラーと対応方法をまとめま...
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blast 使い方 makeblastdb

blastを実行するには、事前にデータベースを構築する必要があります。データベースの対象となるfastaファイルを準備し、makeblastdbコマンドを実行してデータベースを作ります。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接...
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blast+ 使い方 best hitの算出 awkとoutfmt7

blastはよく使うツールの1つです。色んな機能があるし、オプションもたくさんあるので使いこなすのが大変です。よく苦労するのが「best hitを1個だけ取り出す」ことですが、実は「outfmt7」を使うと簡単に得ることができます!使用し...
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blast 使い方 インストール blast+ v2.3.0

今回はblast+のインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 インストール マニュアルに従い、プリコンパイル版をインストールします。 場所 # c...
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