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blast 使い方完全一致の連続領域を探索するには？

blastn で完全一致の連続領域を探索する方法 blastn オプション word_size blastnのパラメータ-word_sizeは、完全一致の初期長さを設定します。長さを指定すると、「完全一致が連続する場所」で「指...

2018.02.20

blastメインコンテンツ解析ツール

バイオインフォマティクスの解析では、様々なツールを使います。たまにはエラーに遭遇してしまい、解決するのに時間がかかったりします。BLASTは、大変使用頻度の高いツールの１つですが、見慣れないエラーに遭遇したので、エラーと対応方法をまとめま...

2016.11.02

blastメインコンテンツ解析ツール

blastを実行するには、事前にデータベースを構築する必要があります。データベースの対象となるfastaファイルを準備し、makeblastdbコマンドを実行してデータベースを作ります。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接...

2016.10.25

blastメインコンテンツ解析ツール

blastはよく使うツールの１つです。色んな機能があるし、オプションもたくさんあるので使いこなすのが大変です。よく苦労するのが「best hitを１個だけ取り出す」ことですが、実は「outfmt7」を使うと簡単に得ることができます！使用し...

2016.03.25

awkblastメインコンテンツ解析ツール

今回はblast+のインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談インストールマニュアルに従い、プリコンパイル版をインストールします。場所 # c...

2016.02.19

blastメインコンテンツ解析ツール