FastQC

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fastqc memory error – java実行時により大きなメモリを割り当てる方法

bamファイルに対してfastqcを実行したら、メモリが足りないというエラーが発生しました。実行環境は十分にメモリーを積んでいたので、fastqc実行時のjavaのメモリーオプションを強制的に書き換えて実行したら、正常終了しました。 ...
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fastp インストール・簡単な使い方・よく使うオプション

Fastqファイル用の高速前処理ツールです。クオリティの評価(トリミング前後)やトリミング処理を行います。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 fastp とは? fastp : fas...
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FastQC 使い方 コマンドラインでテキスト形式の結果を活用する

バイオインフォマティクスの解析を行う際、一番最初に行うのはリードの品質チェックです。代表的なツールはFastQCで結果を視覚的に確認できて非常に便利ですが、たくさんデータを使う場合はコマンドライン(command line)を活用して結果...
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FastQC 使い方 Fastq リードの評価

バイオインフォ道場、くまぞうです。 バイオインフォマティクスの解析を行うにあたって、次世代シーケンサから得られたリード情報の品質をチェックすることはとても大事なことです。代表的なツールFastQCの使い方をまとめます。 とにか...
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FastQC – インストール

FastQCは、NGSのリードの品質をチェックするツールです。解析の直前で使用し、リードの品質に問題がなければ解析に進みます。もし、品質に問題があるようであれば、低品質の情報をトリミングツールで除去したり、対象となるデータを解析から外すな...
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