FastQC

fastqc memory error – java実行時により大きなメモリを割り当てる方法

bamファイルに対してfastqcを実行したら、メモリが足りないというエラーが発生しました。実行環境は十分にメモリーを積んでいたので、fastqc実行時のjavaのメモリーオプションを強制的に書き換えて実行したら、正常終了しました。 ...

2019.01.15

FastQCメインコンテンツ解析ツール

Fastqファイル用の高速前処理ツールです。クオリティの評価（トリミング前後）やトリミング処理を行います。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談 fastp とは？ fastp : fas...

2018.10.06

fastpFastQCメインコンテンツ解析ツール

バイオインフォマティクスの解析を行う際、一番最初に行うのはリードの品質チェックです。代表的なツールはFastQCで結果を視覚的に確認できて非常に便利ですが、たくさんデータを使う場合はコマンドライン（command line）を活用して結果...

2017.04.01

FastQCメインコンテンツ解析ツール

バイオインフォ道場、くまぞうです。バイオインフォマティクスの解析を行うにあたって、次世代シーケンサから得られたリード情報の品質をチェックすることはとても大事なことです。代表的なツールFastQCの使い方をまとめます。とにか...

2016.07.28

FastQCメインコンテンツ解析ツール

FastQCは、NGSのリードの品質をチェックするツールです。解析の直前で使用し、リードの品質に問題がなければ解析に進みます。もし、品質に問題があるようであれば、低品質の情報をトリミングツールで除去したり、対象となるデータを解析から外すな...

2016.01.06

FastQCメインコンテンツ解析ツール