FastQC – インストール
目次
FastQCは、NGSのリードの品質をチェックするツールです。解析の直前で使用し、リードの品質に問題がなければ解析に進みます。もし、品質に問題があるようであれば、低品質の情報をトリミングツールで除去したり、対象となるデータを解析から外すなどの対応をとります。
FastQC インストール
最も簡単にインストールできる、プリコンパイル版のインストール手順を紹介します。
インストール手順
バージョンの違いやフォルダの違いについては、適時、読み替えて下さい。また、必要に応じてsudoをつけて実行して下さい。
事前準備
javaが必要なので、事前にインストールします。
$ sudo apt install default-jrejavaが既にインストールされているか確認する場合
$ java -version openjdk version "1.8.0_232"
FastQC インストール
- ダウンロード
- 解凍
- パスを通す
# ダウンロード cd /usr/local wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.4.zip # 解凍 unzip fastqc_v0.11.4.zip # 権限の付与・パスの設定 chmod +x FastQC/fastqc ln -s /usr/local/FastQC/fastqc /usr/local/bin/
インストール確認
fastqcでバージョン表示ができれば、インストール完了です。
$ fastqc -v FastQC v0.11.4
インストール バージョン指定
バージョンを指定してインストールするときは、ダウンロードURLを以下のように指定するとダウンロードできる場合があります。古いバージョンをインストールする場合に便利です。
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/バージョン.zip # 例） https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.10.1.zip
エラーへの対処
The program ‘application’ is currently not installed.
FastQCが起動できません。インストールが未だならば、手順に従ってインストールし、その後に再度実行して下さい。インストール作業が完了している場合は、パスの設定を確認して下さい。
Permission denied
実行権限がありません。必要に応じて実行権限の付与（chmod）を実行して下さい。
Can’t exec “java”
javaがインストールされていないので、javaをインストールして下さい。
その他のエラー
インストール作業中にエラーが発生した場合は、再度、手順を確認しましょう。特に見落とされがちなのが「.（ピリオド）」や「空白（スペース）」です。linuxでは、これらにも意味があるので注意しましょう。
